在经历了第一次做·RNA-seq的摸爬滚打之后，我大概对RNA-seq的流程和要使用的软件有了一些了解，并知道了它们的用法，于是便做了第二次的RNA-seq，然后想做一个总结...
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第二次RNA-seq实战总结（1）软件的准备
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分享一段基因组测序数据比对和变异检测的“代码”
整个流程需要软件：bwa+picard+gatk+annovar软件的安装与使用大家可以自行百度。。。。代码如下： 代码仅供参考请铭记马克思主义活的灵魂：具体问题具体分析！！！
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对转录组测序数据进行分析以及注释
随着二代测序技术的高速发展，人们获得了大量的转录组数据序列如何从数据中挖掘具有生物意义的信息已经成为很多研究的关键，对未知基因的功能进行预测和注释就是一个重要问题这篇文章主要...
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利用三代转录本升级基因组注释（gff3）因为课题需要，我们在前期组装了一个基因组并进行了注释，但是存在两个问题，一个是没有考虑可变剪切，另一个是注释的基因并不准确，三代转录组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利，...
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纯二代测序从头组装基因组基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组...
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RNA-seq 详细教程：count 数据探索（4）
学习目标 了解 RNA-seq count 数据的特征 比较 count 数据的不同数学模型 确定最适合 RNA-seq count 数据的模型 了解设置生物学重复对于鉴定样...
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FastQC数据质控报告的详细解读
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 测序平台编号，现在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33编码 Total sequ...
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三代变异检测操作说明-DeepVariant
作者：Charon审稿：童蒙编辑：amethyst 众所周知，三代测序的单碱基测序错误率远远高于二代测序，PB的单碱基错误率有10-15%，而ONT也有5-20%[1]，那么...
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Linux Shell：Shell循环语句
摘要：Linux，Shell Shell中常用循环有for，while Shell循环语法结构 （1）for循环语句 for循环只能用于固定次数的循环，因此不能无限循环和用于...
