@abdkxk 因为我没有构建SpatialDimPlot的image对象，这部代码比较多就没放，你可以手动按照Seurat的格式构建一下就好（主要是因为这个函数可视化不好看，我们一般都不用
将R环境下的Seurat RDS格式数据转化成为到python环境下scanpy的anndata格式无论是单细胞、空间组还是ATAC的数据，有时由于下游分析的需求或可视化的需求，同时由于python的运算速度的优势，目前越来越多单细胞分析的工具开始在python环境下开发（...
一、数据框切片 去掉数据框具体某一列一阶：切片，不要那个就负号去除，例如df[,c(-1,-3,-5)]。显然如果数据框比较大，又是中间的项，就比较难数到具体数字。而且只有函...
40. 网络图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用igraph包绘制网络图 使用ggraph包绘制网络图 使用networkD3包绘制动态网络图
说在前面 我们在前面通过3篇推文介绍了张泽民老师的系列研究成果张泽民老师系列文章解读(一)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
单细胞数据爆发，现在细胞数据随便就是万和百万级别，除了有许多专门开发出来快速处理百万级的工具包（例如Cumulus等）和down sample的思想外，为了减轻个人PC内存有...
本节概览：1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichp...
bug千千万，改完又忘，忘了又出…… 记录在Seurat分析中各种各样的花式bug们 1. FindVariableFeatures()报错 这个是RNA这个assays下面...
写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例，介绍一下IGV在查看基因组变异方面的应用。 一.下载 下载链...
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
3.1 参考基因组及其注释 Genome Biology | 最细RNA-seq数据分析名词[https://zhuanlan.zhihu.com/p/609523917] ...
之前我们写过一个函数，主要是展示单细胞比例图（nature级别图表：单细胞转录组细胞比例统计可视化函数[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
bioconductor-DropletUtils使用教程：Utilities for handling droplet-based single-cell RNA-seq ...
单细胞系列教程目录索引,持续更新...[https://www.jianshu.com/p/98fc6c80c216] 为避免造成环境污染，建议使用conda创建隔离环境进行...
测序数据比对结果 BAM 文件用 samtools 进行 sort 之后发现体积变小了...当时怀疑是不是 sort 过程中有一部分 reads 被丢弃了？于是统计了一下原始...
1）从网上下载模板 用endnote打开下载的ens格式文件然后将它保存为想要的名字 重启word，从select another style选择对应格式即可 2）新建end...
二代、三代测序被广泛应用，组学数据爆发，经常会遇到需要可视化比对效果的情况，常用的可是化工具就是IGV, samtools, tablet等，但是在本地处理的时候，经常会由于...
输入文件有：物种基因组序列文件、物种基因组注释文件、转录本比对后的BAM文件；以斑胸草雀为例：-基因组注释文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri...
作者：童蒙审稿：同尘编辑：amethyst 引言 生信分析离不开各种各样的流程。一个好的流程可以帮我们快速的完成各种各样的分析。然而，如何让我们的流程有更高的复用性，可移植性...
在调用R设备绘pdf图时，经常会遇到输出的第一页是空白页，使用onefile=FALSE可以解决该问题。 即： 参考：https://stackoverflow.com/qu...
参考：公众号 果子学生信 https://mp.weixin.qq.com/s/rdFnq6jCMIjmrWI8A8fS5g[https://mp.weixin.qq.com...
