背景篇 在植物基因组中，I类转座因子，LTR-RT(LTR retrotransposons)是基因组扩张的主要原因。完整的LTR长度在85~5000 bp之间，下图图A表示...
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LTR_retriever: 一个更加准的LTR整合分析工具 -
基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。下文除了RepeatMasker的使...
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RepeatModeler + RepeatMasker
在基因组注释中第一步就是重复序列的屏蔽，目前常用的从头注释pipeline就是RepeatModeler + RepeatMasker。 1. 软件安装 RepeatMask...
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Fst的计算原理与实战
概念回顾 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。 用于衡量种群分化程度，取值从0到1，为0则认为...
