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gnomAD-LOEUF数据下载&使用annovar注释Part1: gnomAD-LOEUF数据下载 上一篇文章已经讲解了gnomAD的flagship paper，文章中新建的评估基因对pLoF突变忍受力的模型——LOEU...
IP属地：上海
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BiomaRt-进行人基因到小鼠基因的ID转换下载安装包 把自己想转换的人的基因名合并成建立一个向量 使用这个包的函数getLDS 运行后得到下面结果 有个问题是有个人的基因在这个库里没有找到 "GNLY"；没有搞清楚...
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gnomAD系列文章总结(2) -- 《Landscape of multi-nucleotide variants in 125,748 human exomes and 15,708 gen...距离上一篇文章的解读已经过了一年，我又有机会拿gnomAD的文章讲组会文献分享了（狗头）（其实这篇文章六一就写好了，但是当时要发的时候简书在系统维护。。。过两天就忘记提交了。...
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METASOFT使用教程Meta回归分析的原理 Meta回归分析可评价研究间异质性的大小及来源。假如一项元分析纳入了20项研究，其中一些研究发现体育锻炼能改善抑郁症状，一些发现体育锻炼对抑郁情绪没有...
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如果不满怀希望，那满怀什么呢！
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机器学习：11. SVM支持向量机（上）1 概述 支持向量机（SVM，也称为支持向量网络），是机器学习中获得关注最多的算法没有之一。从实际应用来看，在生物科学的尖端研究中，人们使用支持向量机来识别用于模型预测的各种...
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谢谢鼓励！能帮到别人我也很开心！
gnomAD系列文章总结(1) -- Flagship paper -- 《The mutational constraint spectrum quantified from variatio...
2020年5月，gnomAD数据库在Nature及其子刊上发了一个特刊，共7篇文章（不算评论和新闻） 特刊链接：https://www.nature.com/immersiv...
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嗯嗯，感觉后来也没啥人用这个软件做WES的CNV分析，反正是在尝试阶段，就啥都试试呗😁
工具安装及试用总结：对WES数据做germline的CNV calling（非癌症的疾病研究）（未完。。。）
发现好多CNV calling 工具都好古早。。。安装和试用时关于版本的问题调试比较多。。。所以想把自己遇到的报错贴出来，方便后人debug 1、 EXCAVATOR2 原理...
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ggplot2-根据group给横坐标排序目标：不受x轴变量名的影响，用group信息给横坐标进行排序 数据表：variable（样本名）；value（值，想画箱线图）；batch_melt（批次分类，即group）...
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gnomAD-LOEUF数据下载&使用annovar注释Part1: gnomAD-LOEUF数据下载 上一篇文章已经讲解了gnomAD的flagship paper，文章中新建的评估基因对pLoF突变忍受力的模型——LOEU...
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gnomAD系列文章总结(1) -- Flagship paper -- 《The mutational constraint spectrum quantified from variatio...2020年5月，gnomAD数据库在Nature及其子刊上发了一个特刊，共7篇文章（不算评论和新闻） 特刊链接：https://www.nature.com/immersiv...
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工具安装及试用总结：对WES数据做germline的CNV calling（非癌症的疾病研究）（未完。。。）
发现好多CNV calling 工具都好古早。。。安装和试用时关于版本的问题调试比较多。。。所以想把自己遇到的报错贴出来，方便后人debug 1、 EXCAVATOR2 原理...
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心有明月，诸事无悔。愿执萤火，仰望星空。已转生活号。
