@Miaoxx 说明你还不会安装R包，这个包作为GDC官方唯一推荐的R包，是不可能安装不了的哈
新版TCGA的突变SNP数据下载和整理关于TCGAbiolinks包的学习前面一共介绍了5篇推文。 今天继续学习如何使用TCGAbiolinks下载和整理MAF格式的突变数据。 之前的TCGA的MAF文件是可以下...
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R机器学习mlr3：超参数调优
很多人戏称调参的过程就像是"炼丹"！确实差不多，而且很多时候你调整后的结果可能还不如默认的结果好！这就好比打游戏，"一顿操作猛如虎，一看战绩0比5"！ 模型调优一定要基于对算...
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R机器学习mlr3：模型评价和比较
前面一篇介绍了如何使用mlr3创建任务和学习器、拟合模型、预测和简单的评价，本篇将模型评价的一些细节问题，展示mlr3如何使得这些步骤变得更加简单！ 二分类变量和ROC曲线 ...
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新版TCGA表达矩阵整理简单版很多人因为网络原因不能使用TCGAbiolinks这个神包下载TCGA的RNA-seq数据，只能通过浏览器访问GDC TCGA的官网进行下载，而下载后得到的是一个个文件夹，对...
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TCGA新版数据差异分析上一篇文章里面简单学习了一下表达矩阵的提取，顺便探索了一下SummarizedExperiment对象。 今天学习下用TCGAbiolinks做差异分析。 加载R包和数据 首...
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决策曲线分析DCA用于lasso回归/随机森林本文首发于公众号：医学和生信笔记 医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机...
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TCGA新版数据库表达矩阵提取本文首发于公众号：医学和生信笔记 医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机...
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TCGA新版数据批量下载
众所周知，TCGA数据库改版了！！改的比之前更好用了！ 对于常规转录组数据，主要是以下几点改变： 下载一次即可获得counts、TPM、FPKM三种类型的表达矩阵，再也不用单...
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R机器学习mlr3：基础使用本文首发于公众号：医学和生信笔记 医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机...
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R机器学习mlr3：开篇mlr3简介 mlr3包和其扩展包为R语言提供了一个统一的、面向对象的、可扩展的机器学习框架，可用于回归、分类、生存分析和其他机器学习任务。mlr3并没有引入新的机器学习算法...