转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
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scRNA-Seq | SCENIC 推断基因调控网络和细胞类型 -
scRNA-Seq | 单细胞功能注释和富集分析(GO、KEGG、GSEA)一、多个亚群各自marker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的 marker 基因，接下来我们对这些marker基因进行功能注释和富集分析...
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ArchR官网教程学习笔记11:鉴定Marker峰系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：Getting Started with ArchR[https://www.jianshu.com/p/a2bcdfb77961]A...
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Seurat中FindMarker寻找两个cell type差异基因的若干方法加载示例数据 1.运行Seurat 2.差异分析计算logFC值 其中：对象 cells cells包括两种cell type的细胞barcodes（即每一个单独的细胞）对象...
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10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之NMF寻找转录programshello，大家好，今天我们分享的内容来自文章Spatially organized multicellular immune hubs in human colorecta...
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scCustomize：自定义可视化你的单细胞数据（二）简介 scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等...
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10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之CellChathello，大家好，今天我们来分享一下细胞通讯的文章CellChat，其实有关这个软件已经有了很多的文章来介绍了，2020年的6月份我和Cellchat的作者聊过一次，当时感...
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iTALK---单细胞受配体互作分析及可视化（详细版教程）今天我们说一说另外一种---iTALK，iTALK也在很多文章中出现过，原理是基于受配体平均表达量。它有两个优点，第一是可以比较差异受配体，第二是可视化比较好，我们可以借用借...
