以GATK流程为例，简单来说，SNP Calling主要包括以下几步： 1. 给参考基因组建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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3. SNP Calling -
好用的小工具及数据库资料做富集分析的网页工具https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost用法：把基因列表输入就可以了, 如果基因的重要性有区别就勾选 "ordered q...
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动态交互！感兴趣的基因标记在 KEGG Pathway 通路图上写在前面 近期辅助课题组成员做一些上游数据分析，于是跑了前面搭建的流程并准备了系列分析结果文件，大体如下： 在其中「差异表达分析」的文件夹中，有系列文件，包括 KEGG Pa...
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零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM...写在前面 早前已经推过《新手eggNOG-Mapper详细教程》，但仍然有很多人遇到使用问题。换句话，可能那个教程不能彻底解决大伙遇到的问题。于是我决定写一个完美的教程，彻底...
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番红固绿染色（植物）番红固绿染色（植物） 番红固绿染色（植物），是用于观察植物组织不同组织形态的一种染色，染色后，组织木质化、木栓化的细胞壁染成红色;纤维素细胞壁染成绿色;导管染成红色，筛管染成...
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如何在CNGBdb存储代谢组数据？
你的组学数据都存在哪里？NCBI，EBI....除了这些你还可以选择国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）。 2020年7月31日，国家基因库序列归档系统（CNSA）新增代...
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[R语言可视化-精美图形绘制系列]--主成分分析（PCA）本期内容为[R语言可视化-精美图形绘制系列]--主成分分析（PCA） 主成分分析：PCA（Principal Component Analysis）是一种常用的数据分析方法。...
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转录组测序分析-上游分析一、认识转录组 RNA作为基因组和蛋白质组之间的链接部分，是分子生物学中独特的核心活动。转录组测序是分析某一组织中的全部RNA的表达量，包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...
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GEO数据挖掘之绘制PCA热图和差异基因火山图PCA和差异基因图是生信技能树[生信爆款入门课程]GEO数据挖掘的重点。为拓展课堂所学知识，现在找一个数据集对他们做下练习总结。 1.主成分PCA 图---- 2.top 1...
