1、runGenie3 太慢！！！ 这个博主（ SCENIC单细胞转录因子分析 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/bd...
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转录因子预测-4分析过程中需要注意的问题 -
生信 | 生信人搭建数据库的学习流程
写在前面 目前各种组学培训开展的如火如荼，却鲜有生物信息学数据库搭建的相关教程和学习流程。原因有以下几个： 1.学习数据库的搭建付出多，回报少。有这功夫应该可以把大部分组学知...
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CR-单细胞水平研究人类睾丸细胞图谱这篇文章算是比较中规中矩的单细胞研究某一器官图谱的文章形式，文章的亮点主要包括1）通过scRNA-seq分析定义新生儿和成人睾丸细胞亚群；2）新生儿包含原始生殖细胞和SS...
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简简单单的韦恩图
rm(list=ls())library(ggplot2)library(ggvenn)library(paletteer) if(!require(paletteer))i...
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单细胞ATAC技术出现使得ATAC精确到细胞级别
第一个单细胞ATAC数据是2015年由Greenleaf(Buenrostro, Wu et al. 2015)和Shendure(Cusanovich, Daza et a...
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R - 快捷绘制韦恩图，基于ggvenn感谢各位简友一直的关注。 欢迎关注：感谢陪伴[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjY2NTA2Nw==&mid=2247483981...
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玩转complexheatmap
本系列是对ComplexeHeatmap包的学习笔记，部分内容根据自己的理解有适当的改动，但总体不影响原文。如有不明之处，以原文为准。原文请见：https://jokergo...
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分享一篇前辈的生信感悟
27岁这一年，我开始学生信2017年，硕士入学，虽然当时月薪3000，我花了2000左右，在丁香园买了个科研课程中，虽然什么都没学会，但是邂逅了“生物信息学”和“R语言”这两...
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说说自己的生信路
22岁这一年，我开始学生信2022年，踌躇满志的我考研上岸，满心欢喜的即将开始自己的实验之旅，然后就没有然后了在老师一句话下，懵懂无知的我开始了生信这条路。在中山学习的日子里...
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单细胞转录组数据挖掘分析思路单细胞转录组数据挖掘分析思路 1）细胞鉴定 对于单细胞转录组第一步也是最最重要的一步就是细胞鉴定，分析结果中的细胞聚类结果cluster0、cluster1，……cluste...
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airwayR包报错
本来做chip-seq的时候，需要下载所有依赖R包 但是在下载airway这个包的时候出现了报错error reading from connection 原因如下（） op...
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常见的组蛋白甲基化、乙酰化
1、H3K27ac 1.1、赖氨酸的乙酰化与去乙酰化 1.2、与H3K4me1的平衡 1.3、基因上调 2、H3K27me3 2.1 机制与功能 2.2 与其他修饰的关系 H...
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了解一下motif的基本概念
motif（模体）这个概念很早就被提出，而首次系统化描述这个概念内容的文章是在2002年，发表于Science期刊上。在这篇文章中，motif被定义为：在复杂网络中某种连接模...
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Chip-seq和ATAC-seq的区别为了找到开放染色质区，基因组被TN5转座酶处理。在ATAC-Seq中，修饰后的TN5将与NextEra接头相对应的DNA序列插入到基因组的开放区域，同时，DNA被转座酶的活性...
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绘制颜值杠杠的云雨图
R包下载与载入： library(remotes)remotes::install_github('jorvlan/raincloudplots')library(rainc...
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转座子的注释（包含工具）转座子序列的注释（工具介绍） 关于TE的信息被编目为三种类型的存储库：以TE为中心(TE-centric)，以基因组为中心(genome-centric) 和以多态性为中心(...
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早期人类胚胎发育:囊胚形成到原肠胚形成
Early human embryonic development: Blastocyst formation to gastrulation 早期人类胚胎发育:囊胚形成到原...
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CuratedAtlasQueryR-一个轻松解决人体组织之间不同细胞的R包对R包的介绍：这篇博文是由生物导体社区经理Maria Doyle和CuratedAtlasQueryR的首席开发人员Stefano Mangiola共同撰写的。 我们很高兴宣...
