在2019年的一篇NG文章"Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies ...
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「生信练习题」从SnpEff注释得到的VCF中过滤4DTV位点
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生信 | ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了，相关脚本、教程也很多，但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间，但是在写的时候能发现并学习到很多新的知识，不断记录反思，也...
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2022《Horticulture Research》| 泛转录组+GWAS/eQTL解析茶树次级代谢物调控网络2022年7月，刘仁义团队（福建农林大学）和张兴坦团队（福建农林大学/中国农科院深圳农业基因组研究所）在Horticulture Research期刊（IF=7.291）发表...
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The Chicken Pan-Genome Reveals Gene Content Variation and a Promoter Region Deletion in IGF2BP1 A...本周阅读了文章 The Chicken Pan-Genome Reveals Gene Content Variation and a Promoter Region Del...
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应该是最新最详细的MUMmer中文使用说明如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方...
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群体遗传学与重测序分析分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。如果说常规的遗传学主要的研究对象是...
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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MethylKit 使用手册
methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。 1. 加载原始数据 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
