图来自： 需要注意的是DNA双链，只是部分区段是正义链，部分是反义链。换另一个区段可能完全相反。 以下部分内容是搬运。原作者没有配图，我再加个图，这样更好理解一下。 正义链/...
IP属地：江苏
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正义链 or 反义链 -
高通量测序中，read、contig和Scaffold分别是什么
1.什么是Reads? 高通量测序平台产生的序列就称为reads。 2.什么是Contig？ 拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重...
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CUT&Tag数据分析笔记（1）前几天学习了文献CUT&Tag[https://www.jianshu.com/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟着官网来学习如何分析CUT&Tag数据了...
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MACS2 call peaks的统计学原理前言 作为表观基因组的工具，MACS2是call peaks强而有力的工具，那么MACS call peak的基本统计学原理是上面呢？大至可以分为3步：1.设置滑动窗口；2....
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CUT&Tag数据分析笔记（2）在开始笔记之前我只想吐槽一下，官网里这一部分的代码错的离谱！！！各种报错报的我怀疑人生。。。 第四节 比对结果过滤和文件格式转换 （一）利用比对质量过滤比对上的【可选步骤】 ...
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使用htseq-count进行定量分析和featurecounts一样，htseq-count也是一款进行raw count定量的软件。该软件采用python语言进行开发，集成在HTseq这个包中。 对于pyth...
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博主你用的什么版本的r呀
使用R语言的export包的时候遇到的报错
我想把ggplot2做的图片直接保存成ppt，想到了之前的推文 《我不会用illustrator，只会用ppt！》 这里用到的是 export 包 首选是安装 ，使用的命令是...
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R语言安装export包
1、直接用install.packages("export")报错： 这种烦人的错误，简直是。。。。2、查阅资料从github上下载export包，然后安装。1）下载地址：h...
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R语言输出可编辑的图片
在ggplot2程序包的加持下，R语言可以做出非常漂亮的统计图出来。然而大家是否会有这样的体会，为了做出理想的图片，需要不停的调整作图的参数，包括颜色，字体大小，字体格式，注...
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Cut&tag数据分析流程 homer工具自定义参考基因组 load custom genomeCut&tag数据分析流程 1.数据为clean版本,对数据为进行质控 reads开始时序列内容不一致是CUT&Tag reads中常见的现象。没有通过每个基本的 sequn...
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利用HOMER预测目标序列的motif（从运行程序到结果解读，以及注意事项）关于查找motif，目前有很多种软件可以进行预测。我所在的实验室通常使用FIMO（MEME套件里的一个），但是有很多文献里也提到了HOMER这个软件，并且不乏一些影响因子很高...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs# findMotifsGenome.pl: 在基因组区域中寻找富集Motifs HOMER 最初设计的目的用于ChIP-Seq peaks 中寻找富集motifs 。 #命...
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MACS2 Call Peak 参数详细学习
随着测序技术的进步，染色质免疫沉淀技术被广泛用于研究全基因组蛋白-DNA互作。macs 基于一种新的模型可以很好的识别转录因子结合位点。macs 可以直接应用于ChIP-Se...
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ChIP-seq之MACS2进行peakcalling
100天生信-Day5 ChIP-seq、ATAC-seq等需要在全基因组上找到特定位置的结合/切割/富集的高通量测序技术，都需要进行reads比对后的peakcalling...
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ChIP-seq和CUT&Tag技术ChIP-seq：利用染色质免疫共沉淀 + 高通量测序研究某种蛋白质结合的基因组区域 1. 甲醛交联：将所有蛋白和其结合的DNA固定下来 2. 染色质片段化：裂解细胞、DNA...
