生而孤独 活而精彩
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@杨康yanking 写错了，应该是hka，类似的另一个test是mk test，都是非常经典的中性检验，都考虑了突变率跟multi loci，比单纯用kaks科学很多
从参考基因组(序列)和SNPs(位点)入手的Ka/Ks（dN/dS）选择分析的基本思路流程
Update Mar 9, 2023: 多物种寻找orthologs可以用OrthoFinder： https://github.com/davidemms/OrthoFin...
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其实吧，如果要做群体水平的，一般用hkd test，单纯用kaks不太合适
从参考基因组(序列)和SNPs(位点)入手的Ka/Ks（dN/dS）选择分析的基本思路流程
Update Mar 9, 2023: 多物种寻找orthologs可以用OrthoFinder： https://github.com/davidemms/OrthoFin...
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@push_c9de 建议不做gwas，你这样scaffold的错误率极高，如果要选基因，建议用清除选择或者平衡选择去做，也就是用sweed或者说结合fst，tajima，pi这些去做，一般gwas能跑到的地方，fst也可以选到，后期结合物种特点去阐述即可，不一定要gwas
【PCA】scaffold等级的群体重测序可能遇到的坑
这阵子在做红树的群体重测序分析，一开始在PCA这个坎上遇到了一个网上普遍的教程都没有怎么提及的坑，加之下午有人发邮件给我，问了类似的问题，所以在这里写下这篇可能对大部分只有s...
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用的可以用，但需要过滤一下，根据你基因组大小，还有拼接效果去过滤，一般小基因组过滤掉1kbp的scaffold，大一些的可以过滤掉10kbp的，尽量控制在scaffold数量不要太多，但又要能代表整个基因组，gatk运行的时候记得分scaffold（1/30一组或者更多）去call，不然速度会怀疑人生，或者直接用samtools+bcftools去call
【PCA】scaffold等级的群体重测序可能遇到的坑
这阵子在做红树的群体重测序分析，一开始在PCA这个坎上遇到了一个网上普遍的教程都没有怎么提及的坑，加之下午有人发邮件给我，问了类似的问题，所以在这里写下这篇可能对大部分只有s...
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【orthofinder】在被限制进程的服务器中使用注意事项这阵子开始做比较基因组的项目，由于没有root而且也不想折腾orthomcl，所以首选orthofinder，故而先是安装，这次使用conda安装 安装完成之后，本来打算用r...
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如果要对bam文件进行质检，其实老牌的软件有一个qualimap的也蛮方便的
比对文件BAM/CAM深度检测好用工具：Mosdepth
做完比对后，最直接的一个问题就是想知道：你的reads比对上了哪些区域没比对上哪些区域，有多少reads比对上特定的区域(该区域比对深度)。传统手艺一般可以使用bedtool...
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@lakeseafly 😅今天认真看了gcta的说明书，发现其实是可以的，有个参数--autosome-num，这个参数可以设置染色体数目，这样就可以避免报错了
PCA的分析
常用的工具 PCA分析中常用的工具有GCTA中的PCA模块，老牌的软件EIGENSOFT中的smartpca，还有很多最近推出的R包都能够做PCA分析。然后分析完后，可视化的...
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【PCA】scaffold等级的群体重测序可能遇到的坑
这阵子在做红树的群体重测序分析，一开始在PCA这个坎上遇到了一个网上普遍的教程都没有怎么提及的坑，加之下午有人发邮件给我，问了类似的问题，所以在这里写下这篇可能对大部分只有s...
