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如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所传递的信息在GWAS研究中，Manhattan plot和QQ plot是最常画的两类图，它们可以把跟研究的性状（比如，基因型和身高）显著相关的基因位点清晰地展现出来，不少读者朋友应该...
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GWAS理论 1-1 全基因组关联分析基本概念和材料选择先把GWAS系列课程看一遍，后面再把不懂的东西再补充上来 一、概念和理论基础 全基因组关联分析定义 是对多个个体在全基因组范围的遗传变异（标记）多态性进行检测，获得基因型，进...
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利用plink对snp质控的指标和基本流程
在拿到一组snp数据时，首先应该想到要对snp数据的质量进行检测和控制。然后再考虑这组数据该怎么分析，如何分析。snp的质控是非常重要的，如果snp数据的质量不佳，那么计算的...
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GWAS学习笔记（2）-GWAS分析具体流程y一、认识文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存储何种数据 五种格式 ①ped（pedigree，家系）：包含样本的谱系信息和基因型信息，必须与f...
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