生物灭绝事件生物历史上出名的几次灭绝事件，具体时间和名称如下： 奥陶纪-志留纪大灭绝（Ordovician-Silurian extinction event）时间：大约4....
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生物灭绝事件2024-08-27
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MCMCtree建树流程2024-08-19
整个流程是使用氨基酸序列进行分歧时间推断。 输入文件准备 符合paml格式要求的phy 如果格式不符合要求可以使用trimal自带工具制作符合要求的文件。readal -in...
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BEAUti v1.10.4分歧时间估计2023-08-11https://kns.cnki.net/kcms/detail/11.5840.Q.20190415.1851.010.html[https://kns.cnki.net/...
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blast蛋白序列匹配密码子对齐2024-02-20
问题出发点在于，cds中终止密码子出现在中间的情况。推荐解决方案：蛋白序列中*替换为X 中间一个终止密码子坏了满锅汤，在这种情况下还要完成blast、mafft、transl...
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操作一摸一样？氨基酸序列吗？
rgene_gamma计算2023-10-02
rgene_gamma计算，准备如下两个文件，以及ctl配置文件 树文件：请注意，根节点需要一个简单的化石校准，比如“@4.5”（450Ma ago）。如果没有这个标记计算出...
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python中for循环显示进度条2023-12-14
tqdm会显示一个进度条，描述为"Processing items"，单位为"item"，并遍历items列表，同时显示当前处理的项。
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跟着Nature Communications学数据分析：R语言做随机森林模型并对变量重要性排序论文 Drivers and trends of global soil microbial carbon over two decades https://www.natu...
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Python脚本：fasta文件矫正2023-11-23
如上所示，处理序列过程中很容易遇到序列名与位点信息混合的文件。对于异常1，比较好处理，>序列名换到下一行就行了，但是异常2就比较麻烦了。为了批量处理所以准备了，一个pytho...
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idba安装以及设置2023-11-15
https://github.com/loneknightpy/idba[https://github.com/loneknightpy/idba] conda安装 cond...
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化石以及地址年代表2023-10-14
国际年代地层时间 国际地层委员会https://stratigraphy.org/chart[https://stratigraphy.org/chart] 国际年代地层图2...
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LVM梳理：逻辑卷扩容流程 2023-10-13首先根据上图，我们梳理一下，如果要为逻辑卷增加空间，需要如下三步 用硬盘创建PV PV加入逻辑卷组VG LV占用VG新增的空间 1. 用硬盘创建PV 首先，我们需要查看硬盘，...
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发现设置固定ip以后，会让apt-get update故障，没有办法获取相应源信息
Ubuntu 22.04.1 LTS设置固定ip 2023-02-09
如何在 Ubuntu 20.04 上配置静态 IP 地址[https://linuxize.com/post/how-to-configure-static-ip-addre...
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增加服务器SWAP空间2023-10-11
增加Swap空间有两种方式一个是创建文件增加空间，一个通过划分分区增加空间。不干扰服务器运行的情况下，通过文件增加感觉更方便一些。 通过创建Swap文件扩充Swap 首先在空...
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mcmctree搬运2023-10-02原网站https://fish-evol.org/mcmctreeExampleVert6/text1Eng.html[https://fish-evol.org/mcmct...
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找昆虫图网站2023-10-07
iNaturalist[https://www.inaturalist.org/observations]是一个分享生物多样性信息的社交网络 世界最大的图库社区dreamst...
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mcmctree计算分歧时间步骤2023-10-02根据mcmctree参数解读[https://www.jianshu.com/p/9f8f04768ced]，mcmctree中需要调整的参数usedata、clock、Ro...
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rgene_gamma计算2023-10-02rgene_gamma计算，准备如下两个文件，以及ctl配置文件 树文件：请注意，根节点需要一个简单的化石校准，比如“@4.5”（450Ma ago）。如果没有这个标记计算出...