融合转录本的产生 融合转录本由融合基因（DNA水平）或可变剪切事件产生（RNA水平）。 融合转录本的检测术语 Figure 1. Figures to explain ter...
发简信
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融合转录本的检测软件对比（NGS） -
RNA-seq融合检测软件
STAR-Fusion 地址：Home · STAR-Fusion/STAR-Fusion Wiki · GitHub[https://github.com/STAR-Fus...
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单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵刘小泽写于19.6.17-第二单元第三讲：熟悉文献作者提供的两个表达矩阵 笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：ht...
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基因组比对文件（SAM/BAM）中 Soft Clip 与 Hard Clip的含义描述Clip 的含义： Clip 作为名词讲，有剪下来的东西的意义，在SAM/BAM 比对文件里面，用于描述那些一条序列上，在序列两端，比对不上的碱基序列（还是很形象的，一条上比...
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MGMT基因与胶质瘤治疗因为需要对MGMT基因和胶质瘤的关系做生信分析，所以在这里收录相关文献总结和数据总结以便以后查看和更新，帖子最后附参考文献链接 概述： MGMT作为早期被发现的化疗敏感性相关...
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更新NT数据库的二三事最近被要求更新一下NT数据库，然后踩了好多坑，想记录下来，避免以后再犯。 首先去官网上直接下载nt.fasta（wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih....
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Annovar注释细节说明（一）Annovar注释结果中Func.refGeneWithVer类型 annovar注释结果中，一些列中的内容需要认真研究，如下是常用的信息： 注释的优先级如下： The va...
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window 安装和使用 jupyer什么是Jupyter Notebook Jupyter Notebook：基于网页的用于交互计算的应用程序。其可被应用于全过程计算：开发、文档编写、运行代码和展示结果。——J...
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一文读懂SV检测软件Manta的结果文件Manta输出VCF文件 Manta运行完毕后，将在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目录下输出一组VCF格式的结果文件。 如果...
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GATK4插件Mutect2参数解析作者按 最近在准备着换一个职业赛道，所以在做之前所有项目的回溯，遇到了最最基础的SNV+Indel的流程，给别人重新讲了一遍Mutect2的过滤规则和参数选择，发现这个，含金...
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VarBen：NGS变异数据模拟软件VarBen（Variant Benchmark） 2021年3月3号，来自 国家卫生健康委临床检验中心、中国科学院计算技术研究所等单位的研究人员开发了肿瘤突变数据模拟软件V...
