Kraken软件可以通过序列对样本进行物种注释，kraken2在该软件基础之上做了一些更新，其中包括注释的加速、支持氨基酸序列的注释等其他特性。 软件安装、基本使用以及专有数...
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Kraken2建库及使用
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核苷酸/氨基酸序列聚类去重Cd-hit
我们在分析测序数据或者下载数据库数据时，经常需要合并数据。期间不可避免的出现重复序列，为了减少减少后续资源的使用，更快速地分析数据，往往需要先对数据进行聚类/去重。这种类型的...
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NCBI的Remap工具停用随着测序技术的普及和组装技术的完善，物种基因组版本更新很快。如果我们手头的数据是使用老版本基因组分析的结果，可以使用现成的工具直接转换（转换会有一些失败和错误的风险）。之前给...
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[基因家族鉴定] hmmsearch结果解读
在基因家族分析中，hmmsearch用来在很多候选序列中寻找具有某种基因家族结构域的蛋白。在寻找时，需要提供基因家族对应的隐马模型。前段时间给大家介绍了pfam数据库更新后h...
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使用长读长测序reads进行基因组组装-miniasm
三代测序因为长读长的特点，在基因组组装方面有明显的优势。今天给大家介绍一款基因组组装软件，miniasm。该软件可用于Pacbio和ONT两个平台的数据组装，分析速度很快。 ...
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blast本地比对输出结果
之前写过一篇如何使用blast+套件进行本地blast库的创建及比对，今天跟大家聊聊比对结果的输出格式。 比对命令 通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19...
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blast本地比对输出结果
之前写过一篇如何使用blast+套件进行本地blast库的创建及比对，今天跟大家聊聊比对结果的输出格式。 比对命令 通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19...
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最完整的人参考基因组
最近看了一篇人基因组组装的文章，和大家分享一下。 国际人类基因组测序协会在2001年发表了人类基因组草图，今天这篇文献2021年5月27由Telomere-to-Telome...