最近在做CNV项目，整理一下用CNVkit call CNV的 pipeline 1.软件下载和安装 首先cnvkit是根据python写的，所以首先需要安装python。c...
IP属地：上海
-
CNVkit call CNV
-
@一束小花_c9f1 是的
关于stringtie定量基因的时候，最后输出很多MSTRG样式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2这一套流程做差异表达基因分析的时候的时候，最后会输出很多带MSTRG字样的geneid。 我一开始搜索这个问题，...
-
@Jinshengxu 可以的得到的，每一个样本的FPKM和TPM在每个样本的gtf文件中，但是每一个样本的FPKM没有合并，stringtie官网提供的脚本只是计算counts
关于stringtie定量基因的时候，最后输出很多MSTRG样式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2这一套流程做差异表达基因分析的时候的时候，最后会输出很多带MSTRG字样的geneid。 我一开始搜索这个问题，...
-
@jamesjin63 不可解释的一部分，是不同变量之间的互作之类的吗
R-多分类logistic回归（机器学习）
多分类logistic回归 在之前文章介绍了，如何在R里面处理多分类的回归模型，得到的是各个因素的系数及相对OR，但是解释性，比二元logistic回归方程要冗杂的多。 那么...
-
您好，请问在Break Down profile中的intercept(截距)代表什么意义呢，我仅知道它代表这个模型中间这一类的样本所占的比例，那么他对样本的预测所起的作用是什么呢
R-多分类logistic回归（机器学习）
多分类logistic回归 在之前文章介绍了，如何在R里面处理多分类的回归模型，得到的是各个因素的系数及相对OR，但是解释性，比二元logistic回归方程要冗杂的多。 那么...
-
应该还是不行，你可以试试
关于stringtie定量基因的时候，最后输出很多MSTRG样式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2这一套流程做差异表达基因分析的时候的时候，最后会输出很多带MSTRG字样的geneid。 我一开始搜索这个问题，...
-
请问一下边际效应这一节的plot_df这个函数是哪个包里面的
R-多分类logistic回归（机器学习）
多分类logistic回归 在之前文章介绍了，如何在R里面处理多分类的回归模型，得到的是各个因素的系数及相对OR，但是解释性，比二元logistic回归方程要冗杂的多。 那么...
-
临床数据分析、数据可视化、机器学习、Python/R<br><br>Github：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fjamesjin63" target="_blank">https://github.com/jamesjin63</a><br>欢迎关注我们的公众号：EpiHub
-
R-多分类logistic回归（机器学习）多分类logistic回归 在之前文章介绍了，如何在R里面处理多分类的回归模型，得到的是各个因素的系数及相对OR，但是解释性，比二元logistic回归方程要冗杂的多。 那么...
-
VST应该不是用来标准化的吧，vst是对标准化后的值进行正态转换
DEseq2-差异分析
数据读入 使用airway中的数据，SummarizedExperiment格式。 如果没有SummarizedExperiment格式也可以使用DESeqDataSetFr...
-
很好奇为什么要筛选绝对中位偏差这一步呢，如果是没有重复的样本，个体间存在偏差感觉是正常的
WGCNA分析，简单全面的最新教程
本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。 WGC...
-
@RenJ_9394 好的，请问Q30大于90%可以算高质量数据吗
使用GATK从RNA-seq数据中call variants
GATK官方给出了从RNA-seq数据中寻找变异位点的流程，但这个示意图比较简洁，实际操作时一不小心就会报错，故经过探索，记录下这个流程的细节以及半自动化的脚本。 1. 软件...
-
请问一下在这个流程中不进行BQSR和VQSR没关系吗
使用GATK从RNA-seq数据中call variants
GATK官方给出了从RNA-seq数据中寻找变异位点的流程，但这个示意图比较简洁，实际操作时一不小心就会报错，故经过探索，记录下这个流程的细节以及半自动化的脚本。 1. 软件...
-
引物设计软件
科研干货丨手把手教你做PCR引物设计！
在整个PCR体系中，引物占有十分重要的地位。PCR的特异性要求引物与靶DNA特异结合，不与其他非目的的DNA结合，PCR的灵敏性要求DNA聚合酶能与引物进行有效的延伸，可见引...
-
-
科研干货丨手把手教你做PCR引物设计！在整个PCR体系中，引物占有十分重要的地位。PCR的特异性要求引物与靶DNA特异结合，不与其他非目的的DNA结合，PCR的灵敏性要求DNA聚合酶能与引物进行有效的延伸，可见引...
-
SeqLogo的私人定制？你可以的。写在前面 前述，TBtools增加了一个功能，使各个操作系统下，用户均可以正常使用MEME/MAST，进行一定的motif分析（即使你是windows用户，也不需要虚拟机或命...
-
@陳王元 互帮互助
关于stringtie定量基因的时候，最后输出很多MSTRG样式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2这一套流程做差异表达基因分析的时候的时候，最后会输出很多带MSTRG字样的geneid。 我一开始搜索这个问题，...
