测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
IP属地：上海
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换） -
NATURE:组蛋白标记H3K36me2招募DNMT3A并调节基因间DNA甲基化分布这篇文献是于2019年9月发表在Nature上的一篇研究型文章。题目是：The histone mark H3K36me2 recruits DNMT3A and shape...
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TCGA文章复现——LncRNA-CRC预后Title:An Integrated Three-Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis in Colorecta...
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这些数据要留意呀，发SCI的神器
有些临床医生总是到处找数据库进行数据挖掘，却忽略自己身边的病例数据，如果能收集到这些数据，发SCI就简单了，剩下的事情就是复制、粘贴代码的事情。下面介绍的文章就是这样干的，收...
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【r<-差异分析】当使用limma时，它在比较什么
差异分析流程示例与资料 基因芯片的差异表达分析主要有 构建基因表达矩阵、构建实验设计矩阵、构建对比模型（对比矩阵）、线性模型拟合、贝叶斯检验和生成结果报表 六个关键步骤。 下...
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GEO数据库视频学习笔记（ID转换）上一篇笔记记录了如何下载芯片数据（GEO数据库视频学习笔记（芯片数据下载和数据读取）），这篇笔记继续跟着视频学习，视频地址：here （一）如何从对象里提取表达矩阵 如果你要...
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值得借鉴：零代码分析加免疫组化上3分！大家好，今天和大家分享的是一月份发表在Genomics(IF：3.16)杂志上的一篇文章，“Systemic analysis of the expression and p...
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DAVID在线功能富集介绍我们通过GEO或者其他数据库筛选出了一批显著差异基因，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，我们下一步需要进行GO功能注释和KEGG（pathway）通路富集分析。那么，啥...
