在Seurat，我们选择使用future框架进行并行。如果您有兴趣了解更多有关future框架的内容，请点击此处[https://cran.r-project.org/web...
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Seurat4.0系列教程19：多线程并行策略 -
Seurat4.0系列教程8：细胞周期评分和回归分析我们展示了如何通过基于传统细胞周期相关marker计算细胞周期得分，并在预处理过程中将这些分数从数据中回归，以消除 scRNA-seq 数据中细胞周期异质性的影响。我们在小鼠...
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Seurat4.0系列教程5：交互技巧此文演示了一些与 Seurat 对象交互的功能。为了演示，我们将使用在第一个教程中创建的 2，700 个 PBMC 对象。为了模拟我们有两个复制的情景，我们将随机分配每个集群...
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Seurat4.0系列教程3：合并两个样品的10x数据集
在此，我们将合并两个 10X PBMC 数据集：一个包含 4K 细胞，一个包含 8K 细胞。数据集可以在这里[https://support.10xgenomics.com/...
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Seurat4.0系列教程13：使用互惠 PCA （RPCA） 快速整合数据我们提出了一个稍微修改的工作流程，用于整合 scRNA-seq 数据集。我们不再使用（"CCA"） 来识别锚点，而是使用互惠 PCA （"RPCA"）。在使用RPCA确定任意...
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零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)
医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言？[https://www.zhihu.com/question/432353982]如何学习R语言[https://www...
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Seurat4.0系列教程12：大数据集整合的方法对于非常大的数据集，标准工作流程有时可能计算成本高得令人望而却步。在此工作流程中，我们可采用如下两种方法提高效率和运行时间： 互惠 PCA （RPCA） 基于参考的整合 主要...
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10X单细胞（10X空间转录组）整合分析批次处理之细节（harmony）
hello，下半年开始，我们也要开始新的工作了，今天我们需要解决的问题有两个。 （1）细胞亚群细分的时候仍然要分开样本去除批次效应？？？harmony （2）harmony算...
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DoubletFinder 去除双细胞
1. 参考资料 https://mp.weixin.qq.com/s/ybr1rK5CcC-BfDKUYxKcNw https://www.jianshu.com/p/66e...
