@汪大山我降了版本后不需要了
SnpEff：vcf注释软件安装及应用需要准备的内容: 环境：Linux 或 Ubuntu，已经安装openjdk 文件：通过 GATK 流程得到的变异或者 VCF 格式的文件 参考文件：对应基因组版本的 gff...
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变异位点的归一化(normalization of indel)
一、定义二、indel的左对齐三、多等位位点的左对齐 定义 在二代测序中，使用bcftools call或者 gatk HaplotypeCaller工具检出变异位点的时候，...
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测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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snpEff安装及建库
snpEff安装及使用： 1.安装（推荐这种方法而不是conda） 参考: http://pcingola.github.io/SnpEff/download/[http:/...
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您好，很感谢您的教程，但是我发现不知道是版本问题还是什么，下载基因组和gtf文件外，还需要cds和蛋白质fa文件，否则会报错
SnpEff：vcf注释软件安装及应用
需要准备的内容: 环境：Linux 或 Ubuntu，已经安装openjdk 文件：通过 GATK 流程得到的变异或者 VCF 格式的文件 参考文件：对应基因组版本的 gff...
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您好，我有个问题想请教一下您，我想用来call snp的原始文件是数据库中下的全基因组文件，而不是下机reads，也就是比对到ref上只有1x，这样得到的vcf文件可以直接用来建树吗？
使用Snippy构建细菌基因组SNP、core SNP和系统进化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亚墨尔本大学的 Torsten Seemann[https://twitter....
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随笔 | 2020 #1
在2020的第一个月月中才想起在简书上写点什么... 立个Flag，6月前分享10篇文章。 由于学习的需要，对于linux、算法原理、统计学方法及原理需要接触的越来越多，以后...
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@尘世中一个迷途小书僮 非常感谢您~
sortmerna 去除rRNA
sortmerna是一款检测文库中rRNA含量，并去除rRNA reads的软件。当怀疑文库中包含的rRNA比例较高时，这款软件可以派上用场。以下简单介绍它的安装与基本使用方...
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您好，请问一下，序列组装后得到了多个contig，这时候想把他们变成一条基因组，有什么软件可以做吗？有什么可以批量做这个的软件推荐吗？
基因组组装（全）
基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组装的第一步就...
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@尘世中一个迷途小书僮 谢谢你噢！
sortmerna 去除rRNA
sortmerna是一款检测文库中rRNA含量，并去除rRNA reads的软件。当怀疑文库中包含的rRNA比例较高时，这款软件可以派上用场。以下简单介绍它的安装与基本使用方...
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您好，请问一下在每次运行前要保证kvdb/下是空的，是不是意味着不能同时跑两个样本，请问您是怎么解决的呢？当我单独设置--kvdb等等这三个参数时，输出比对到rRNA的fq是空的不知道为什么
sortmerna 去除rRNA
sortmerna是一款检测文库中rRNA含量，并去除rRNA reads的软件。当怀疑文库中包含的rRNA比例较高时，这款软件可以派上用场。以下简单介绍它的安装与基本使用方...
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complexheatmap报错的解决办法
conplexheatmap直接安装时，和很多R版本不兼容，会报错可以试试这个： devtools::install_github("jokergoo/ComplexHeat...
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@小白菜学生信 好的谢谢
宏转录组分析：SortMeRNA鉴定过滤rRNA
导读 转录组测序一般期望得到的是mRNA的信息，但是总RNA当中绝大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是无用的，所以需要去除总RNA中的rRNA，获得较纯的mRNA。真核生...
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请问一下您的八个参考基因组是在哪里下的？
宏转录组分析：SortMeRNA鉴定过滤rRNA
导读 转录组测序一般期望得到的是mRNA的信息，但是总RNA当中绝大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是无用的，所以需要去除总RNA中的rRNA，获得较纯的mRNA。真核生...
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blat下载和安装
make报错了 看来时缺依赖yum install libpng #我是centos系统安装不了这个包，，非常幸运找到这个网站，告诉我blat安装的依赖http://geno...
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kmergenie报错
组装之前想评估一下用多长的kmer合适，找到了kmergenie软件：它可以进行k-mer分析及基因组大小评估。具体下载安装和操作请参考：https://www.jiansh...
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linux安装R
可直接点开网址选到你的linux系统类型安装即可：https://docs.rstudio.com/resources/install-r/#optional-install...
