检查一下vcf文件是不是对的，然后看看你的命令@15bbf6432e00
群体遗传学亲缘关系分析亲缘关系分析实操 前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID。先看一下最开始生成的VCF文...
发简信
IP属地：密苏里州
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@Yanglab_xuan 对 平均值就行
群体遗传学统计指标——群体间分歧度检验（Fst）
基本概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。用于衡量种群分化程度，取值从0到1，为0则认为两...
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您需要哪一个文件？@Journey_34ee
群体结构——PCA分析
概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也称主分量分析，旨在利用降维的思想，把多指标转化为少数几个综合指标。 在统计...
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@会发光的欣欣子 换一台电脑？我没遇到过这个问题诶。。。。
单体型网络的构建——Haplotype Network
基本概念 单体型：又称单倍体型或单元型，是个体组织中，完全遗传自父母双方中某一亲本的一组等位基因。拥有特定SNP的个体常常在附近某一特定变异位点拥有特定等位基因，这种关系叫做...
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就是个人习惯，可以不加滴~
群体遗传学亲缘关系分析
亲缘关系分析实操 前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID。先看一下最开始生成的VCF文...
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您过滤前有多少个snp？
群体遗传学亲缘关系分析
亲缘关系分析实操 前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID。先看一下最开始生成的VCF文...
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2022美国签证的心酸路
我的经历非常坎坷，写一写供大家参考： 当时的个人背景： 教育背景：农大在读三年级博士，本科和研究生都是在这所学校；专业方向：预防医学；签证项目：交流学者（J1签证）资金来源：...
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在后面有描述的呀，其实就是样本的分组信息。
群体结构——PCA分析
概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也称主分量分析，旨在利用降维的思想，把多指标转化为少数几个综合指标。 在统计...
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要看你的目的，如果是看差异其实我建议不过滤，保留最大差异。
群体结构——系统发育树的构建
最近杂事真的非常的满，终于找到时间更新一下。。。。 通过上一篇文章的介绍，系统发育树的基本概念[https://www.jianshu.com/p/4c5a4bf84e57]...
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@Jan_d2fa 没有该过欸，报错原因应该是Pophelper的版本问题，不能用最新版的，建议使用V2.29。
群体结构——Structure堆叠图详细画法
基本概念 基迪奥有篇文章写得非常的简单明了，我这里就不再赘述，大家移步去搞清楚基本知识。 群体结构图形——structure堆叠图[https://www.genedenov...
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这个没有研究过欸，要查一查
群体结构——Structure堆叠图详细画法
基本概念 基迪奥有篇文章写得非常的简单明了，我这里就不再赘述，大家移步去搞清楚基本知识。 群体结构图形——structure堆叠图[https://www.genedenov...
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群体进化选择消除分析要做选择性消除分析，首先就要把如下的理论记住熟记于心。 中性进化假说： 分子水平上，生物的演化或物种的进化并不是自然选择引起的，而是由中性/近中性的突变等位基因经过遗传漂变引...
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@e5a867a4f72e fpkm
转录组趋势分析
基本概念 表达趋势分析（Series Test of Cluster）：将变化特征模式相似的基因归类到一种变化趋势中，从而找到实验变化过程中最具有代表性的基因集以及对应的趋势...
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Dfoil - 推断祖先基因流-2. 在一篇讲泥炭藓的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
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基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也称基因迁移） 是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非...
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@Kissdog丶痕迹 您好，最近都没看消息 不好意思，现还有问题吗？
群体结构——PCA分析
概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也称主分量分析，旨在利用降维的思想，把多指标转化为少数几个综合指标。 在统计...
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@wow咪来哆 没问题的，这个脚本只是把第一列和第二列合并。
群体遗传学亲缘关系分析
亲缘关系分析实操 前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID。先看一下最开始生成的VCF文...
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是不是版本冲突啊？换一台电脑试试？
单体型网络的构建——Haplotype Network
基本概念 单体型：又称单倍体型或单元型，是个体组织中，完全遗传自父母双方中某一亲本的一组等位基因。拥有特定SNP的个体常常在附近某一特定变异位点拥有特定等位基因，这种关系叫做...