1.先来认识一下circos的配色体系 下载安装circos之后，在安装目录下面有一个png图片，上面显示的是circos支持的配色和字体样式。 在绘图过程中如何调用颜色？我...
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如何自定义circos图的配色 -
生信 | 三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Hi-C原理简介 1.1 ...
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基因组circos图绘制流程记录
一、Circos安装 conda 安装 conda create --name circos conda install circos 二、circos输入文件准备 前提必须...
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conda安装及基础环境配置
下载 anaconda3官网地址Free Download | Anaconda[https://www.anaconda.com/download#downloads]我下...
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利用UpsetR画图对于数据集合的可视化，韦恩图（venn diagram）是一种方式，一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的；但超过5个的时候，就会显得杂乱无章。UpsetR完美地解决...
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2023-MutationalPatterns包学习笔记（二）-Mutational signatures之NMF老规矩，先奉上学习资料链接： https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/MutationalPatte...
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salmon分析RNA-seq实战
Salmon应用 查看帮助文档 Quasi-mapping-based mode (including lightweight alignment) 目前，Salmon有两种...
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指北 | Kallisto 使用手册 - 普通笔记本上分析转录组
写在前面 Kallisto 是一款 “Alignmnet-Free” 的转录组表达量估计的工具。其提出了一种 “pseudoalignment ” 的概念，实则基于 Kme...
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CNV calling | DELLY基于paired-end mapping methods 和 split-read analysis，检测结构变异。 写在前面 Delly is an integrated ...
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Delly 鉴定SV
基于二代，鉴定，分型以及可视化，deleetions, tandem duplications, inversions and translocations. 1 Insta...
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Mutational Patterns进行肿瘤 突变频谱 分析
MutationalPatterns是一个bioconductor上的R包，可以用于肿瘤突变频谱的分析。肿瘤突变频谱针对点突变进行定义，A,T,C,G四种碱基两两突变，共有4...
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2023-MutationalPatterns包学习笔记（一）老规矩，先奉上学习资料链接： https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/MutationalPatte...
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RIdeogram：染色体数据可视化的R包已有的工具如circos, 只能绘制弯的染色体，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiographica，虽然能绘制直的...
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SNP在染色体上的密度分布图有两种方法，先看比较简单的一种： 结果： 第二种方法就比较复杂了，需要准备两个文件：一个是包含染色体长度的文件chr_length.txt，格式如下： 一个是包含各个基...
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De novo组装#04 | 基因组去冗余（purge_dups）写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关，如 CLR 的测序错误，基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等，purge_dups软件能根据read深度分析组装中haplotigs...
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【SubPhaser-多倍体亚基因组分型流程解读】写本篇文章，主要目的是从tmp文件和软件运行信息解读亚基因组分型分析。 进入tmp文件夹之后，其实就可以看到对应的文件： 如何查看什么步骤产生了怎么样的结果文件？ 上述在进行...
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群体变异数据vcf文件过滤概念及使用方法
标记过滤指标概念 miss 缺失率，即标记缺失的比例 一般过滤0.1或者0.2；对于简化基因组的也有进行0.5的过滤的，看具体需求了 maf 最小等位基因频率 一般过滤0.0...
