Pytorch是目前最火的深度学习框架之一，另一个是TensorFlow。不过我之前一直用到是CPU版本，几个月前买了一台3070Ti的笔记本（是的，我在40系显卡出来的时候...
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配置pytorch(gpu)分析环境 -
深入解析 multipart/form-data
一个 HTML 表单中的 enctype 有三种类型 application/x-www-urlencoded multipart/form-data text-plain ...
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使用GPT让你的RStudio如虎添翼
API的的调用目前来说不限制地区，但是OpenAI的API的申请限制了地区。运行的时候，如果出现了429，意味着你被限流了，需要等一会才行。 前提是，你需要注册一个OpenA...
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MacOS下安装velocyto.R拟时序分析是单细胞测序高级分析之一，其中引用量最多的一是Monocle，其次就是velocyto。velocyto分为python版本和R版本，python版本用于分析得到上...
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什么年代了，还在用传统的3D-DNA？
之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的辅助组装，它的最大优势就是输出结果可以对接下游的JBAT(juicerbox with Assembly Tools)进行手动矫正。然...
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Ubuntu16.04安装R包magick出现的问题
太长不看版 magick的安装需要底层的imagemagick支持 Ubuntu16.04由于版本老旧，安装的旧版imagemagick无法使用 使用spack自己安装新版，...
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在脚本里面调用conda创建的环境
事情源于，我在写脚本的时候，在脚本里面插入了一句 conda activate 环境名, 然后出现如下的报错提示 conda认为我没有初始化环境，我脚本是在bash环境下运行...
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R如何正确动态创建变量名,解决target of assignment expands to non-language object在一个群里，看到一位朋友发了一堆代码， 以及一个报错信息，Error in paste(.....) ：could not find function "paste←" （还...
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从一则12年前的提问中学习:从配对序列联配到多序列联配
最近学习多基因组比对时，看到一则12年前在Biostars发布的提问, Programming Challange: Pairwise Alignments To Multi...
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使用jcvi绘制微共线性(Microsynteny)这篇文章更多是记录性质的，因为没有详细说明如何从WGDI, MCScan, MCscanX中获取基因对，也没介绍如何整理出记录基因坐标的bed文件，因此如果阅读此文的您看不懂...
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计算分子进化-搞懂PAML的正选择分析许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只...
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intel版本 Bioconductor有预编译的rhtslib, 不需要自己编译呀
MacOS的ARM64的R如何解决编译问题
先参考https://mac.r-project.org/tools/[https://mac.r-project.org/tools/] 安装好XCode和gfortran...
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MacOS的ARM64的R如何解决编译问题
先参考https://mac.r-project.org/tools/[https://mac.r-project.org/tools/] 安装好XCode和gfortran...
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我的生信自学心得分享
这是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 从2016年，我开始自学生物信息，那个时候，为了加深自己学习，所以就不间断的在网上分享我的学习笔记。 我有一个自己的博客，xu...
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自己创建CDF包 hursta2a520709cdf
调用函数时，遇到hursta2a520709cdf not available 也就是找不到的情况 目前网络上找到资料都不够全面，详尽，正确的处理方法如下 第一步，安装R包m...
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Rust第二课:为什么我的Rust比Python慢！
在我的Rust第一课[https://xuzhougeng.top/archives/my-first-rust-class], 我写了一个程序对fasta中的ATCG进行计...
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我的Rust编程第一课
在2020年5月17日，HengLi在它的一篇博客「Fast high-level programming languages」提到，他一直在寻找一门编程语言，生物学家容易使...
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使用jcvi基于wgdi的共线性结果(-icl)绘制点图
在如何用WGDI进行共线性分析(上)[https://www.jianshu.com/p/a50548e81ac0], 我们基于blastp的结果绘制了点图，之后用 -icl...
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如何在IGV上使用BLAT搜索非模式物种(续)
在如何在IGV上使用BLAT搜索非模式物种[https://www.jianshu.com/p/e5aceeb98a98]中，我们讨论如何用Apache的CGI服务器，来响应...