从事生物信息分析已经有10多年了，从大数据和系统生物学视角，先后研究了神经系统疾病，感染系统疾病和如今的肿瘤疾病。当年，二代测序技术刚刚兴起的时候，测个序就可以发文章，做生信...
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生信分析未来如何发展？
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解决Docker以默认root用户运行生成的文件权限为root的问题
只需以宿主机的普通用户运行即可。 docker run --user $(id -u ${USER}):$(id -g ${USER}) -v /etc/passwd:/et...
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Shiny docker + reticulate + miniconda 安装配置
项目需求是用shiny实现UI界面，后台通过R包reticualte来调用miniconda python来实现后台逻辑。 在本地R studio一切都很顺利，然而到了rem...
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HMGB1
HMGB1基因是HMGB基因家族中的一个，有三种不同的结构形式：Structure in reduced state，Structure in oxidized state，...
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Seurat对象操作
假设a是Seurat对象，那么 methods(class=class(a)) 用来获得a所属类的方法。 Attributes(a) 用来获得a所有的属性。
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TensorFlow编程思想（仅供入门参考）
学习TensorFlow确实是因为工作需要，是为了分析单细胞测序的数据。 TensorFlow（以下简称为tf）是一个AI的编程框架，有自己的设计理念，必须理解这个理念才能灵...
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Garnett包安装失败解决
Garnett包用于注释单细胞数据所属细胞类型。 在按照官方步骤安装时候，出现下列错误： ** byte-compile and prepare package for la...
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plotly助力生物大数据交互式分析
疫情形势依然严峻，武汉加油，中国加油！ 宅在家里，思考不能停，学习必须持续。 AI技术已经显示出超凡的大数据处理能力，进一步结合与人的交互，将更具应用价值。 显然，人-机交互...
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R包dplyr和tidyr用于数据清理
dplyr包操作： 1.筛选: filter() 2.排列：arrange() 3.选择：select() 4.变形：mutate() 5.汇总：summarise() 6....
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dnorm,pnorm,qnorm,rnorm的区别
R中有四个与正态分布有关的函数，dnorm,pnorm,qnorm和rnorm，其中， dnorm为概率密度函数，返回给定x下的概率值。dnorm(z)等价于f(x=z) p...
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Python itertools模块
该模块提供了很多高效循环的函数， 如islice() https://docs.python.org/2/library/itertools.html
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Debian添加用户到sudoers
1. 安装sudo命令：aptitude install sudo 2. chmod u+w /etc/sudoers 3. vim /etc/sudoers 添加：use...
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Debian Linux下R CRAN和Bioconductor国内镜像设置
vim ~/.Rprofile 写入 options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...
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蛋白中的Short Linear Motif(SLiMs)
SLiMs是蛋白中的长度小于10个氨基酸的短肽，在蛋白质相互作用中发挥重要作用，其进化上保守模式和与其相互作用蛋白功能高度相关，也发现他们在无固定三维结构蛋白中高度保守。 原...
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Debian9 Dash to Dock 安装
Genome桌面美化可以通过Tweak tool来设置 Debian中的侧边栏的设置可以通过安装 Dash to Dock来实现。 Dash to Dock 是Genome ...
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R源码安装
操作系统环境：Debian9(stretch) 这次安装R，系统缺的库比较多。 安装之前，可以先安装以下图片库 aptitude install libpng-dev apt...
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