1. matrix.mtx 做过10xGenomics单细胞转录组的人都知道cellranger的标准输出是三个文件（barcodes.tsv genes.tsv m...
发简信
IP属地：重庆
-
单细胞转录组||matrix.mtx说明（cellranger与kallistobustools的不同之处）
-
ReactomeDB 和KEGG两个数据库的 PI3K-AKT signaling pathway gene set 区别1. 首先查看KEGG数据库 PI3K-AKT signaling pathway gene set 详细说明查看如何拿到 KEGG数据库的 hsa04650 Natural...
-
几款计算测序深度和覆盖度的软件或模块1. BAMStats BAMStats是一款从BAM文件中计算覆盖度和其他数据，并生成这些数据的描述性统计的工具 1.1 安装 1.2 使用 java -jar BAMSt...
-
GISTIC2.0安装与使用（2019）在一年前刚开始认识GISTIC这个软件的时候，我写过一篇文档记录安装过程。 Google搜索的第1个中文信息就是（2018年，现在不是，文章现在已经有过千次的引用啦~）。 实...
-
重新认识TBtools，减少你的生信分析烦恼（20190422）写在写在前面的前面 或许，没有人知道TBtools到底是什么？能干啥。但是看完这个推文，或许你就知道了其中的一部分。 写在前面 TBtools对外开放两年多，不时会有熟悉的不...
-
-
RNA-seq(6): reads计数，合并矩阵并进行注释任务 1.实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。2.需要用脚本合并所有的样本为表达矩...
-
RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
-
RNA-seq(8): 探索分析结果:Data visulization写在前面： 这部分主要做一些数据可视化，富集分析暂时放下一部分，如果想跳过这里，请直接移步RNA-seq(9):富集分析[https://www.jianshu.com/p/...
