大佬有没有遇到fastp过滤后，双端序列个数不匹配的情况？该如何处理
2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
IP属地：台湾
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@雨后涟漪 442167241到群（QQ）里来，在群文件中下载
如何使用SPDE进行共线性分析（MCScanX）
在进行共线性分析的时候需要准备两个文件：一个是blast文件，一个是gff文件。这两个文件都是需要经过相应处理的。在这里还是稍微跟同学们说一下原理：共线性的本质其实就是找序列...
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@关敲柯 来群里吧854485483（QQ）
CIDP---启动子，基因全长以及CDS序列提取
因为CIDP需要目的序列，对于没有生信基础的同学来说从基因组提取序列是一个相对痛苦的过程。所以给同学们设置了序列提取模块。请同学们进行软件安装以及命名文件夹和文件的时候避免使...
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CIDP---CRISPR sgRNA设计模块
各位老师、同学，大家好，今天向大家推出一款我最新开发的、用于CRIPSR系统中sgRNA设计的软件，CIDP。 还是老规矩，首先向同学们介绍为什么做这么一款软件。 CRISP...
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CIDP---启动子，基因全长以及CDS序列提取因为CIDP需要目的序列，对于没有生信基础的同学来说从基因组提取序列是一个相对痛苦的过程。所以给同学们设置了序列提取模块。请同学们进行软件安装以及命名文件夹和文件的时候避免使...
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CIDP---为sgRNA/guide RNA设计引物基本过程是设计完sgRNA后需要将sgRNA插入到载体序列中，这个时候就涉及到了插入哪个位点的问题。因为同学们手中可能有各种各样的载体，所以在这里确实没有办法给同学们设置自动...
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CIDP---CRISPR sgRNA设计模块各位老师、同学，大家好，今天向大家推出一款我最新开发的、用于CRIPSR系统中sgRNA设计的软件，CIDP。 还是老规矩，首先向同学们介绍为什么做这么一款软件。 CRISP...
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基因组比对及T2T kmer可视化软件---RAviz功能介绍老规矩，先和同学们介绍一下为什么要做这么一款软件？基因组比对paf格式文件： 当同学们需要进行基因组层面的序列比较时，通常要面对如上所示的比对结果文件，这个文件可能有几十万甚...
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@68e13bfc6728 我觉得是，也就是说，如果你的序列不是cds序列，这个是用不了的
diamond & blast：DNA蛋白序列比对
导读 用query基因、DNA序列、16S扩增子序列、蛋白序列比对基因注释、物种注释 、基因功能注释数据库。Blast准确性高，速度慢。Diamond速度更快，常用于二代测序...
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@朱橘橘 谢谢对SPDE感兴趣，目前，SPDE已经满员两个群，可加到第三个QQ群中：442167241
如何使用SPDE进行基因家族分析---序列的获取以及比对
看同学们挣扎在拿奖学金、毕业和升学的路上而苦于没有文章是时候给大家解决一下这个问题了。首先，我们需要解决的是序列的问题。我本身是做植物研究的，对植物较为了解，这几个基因组网站...
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@e04031c50da8 加到群里吧，目前的版本已经可以实现动物的，在这里交流不太方便
GFAP---Transcription factor模块
对于一些没有生信基础的同学来说，想要从一堆未知功能的基因中挑选出想要的转录因子，可能还要花费大量的时间成本去学习这个过程。而转录因子又在植物中起着非常重要的作用，因此又不得不...
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@4f6196e92c65 这不是独立的软件，是SPDE的功能之一，可以考虑加到群里
For circos模块---circos文件的准备
circos软件在展示基因组信息方面具有十分重要的作用。关于该软件的使用可以在网上找到很多教程，但关于如何准备运行circos所需要的文件则没有软件可以实现。因此，特意开发了...
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GFAP---pfam_go_kegg模块后来发现，即便努力实现了各科代表物种的注释，但在某些情况下还是直接注释可能更方便些。于是对GFAP添加了一个新的模块，该模块直接用pfam, GO, KEGG官网数据进行注释...
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请教大佬一个问题：比对结果里面标注负链的，它对应的位置信息是怎么算呢？是按照负链来还是按照正链来？minimap2有没有自动调整？
Minimap2比对随笔
Minimap2是李恒大牛在2018年开发的针对于三代测序数据进行比对的工具，minimap2的优势是速度快，而且听说比对的结果也比较不错，不知道甩samtools几条街；缺...
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@白菜罐 谢谢提问，这其实是个经验值，一般认为1e-5就差不多，这个值越小，代表条件越苛刻，出来的结果可能越准确，但一般不会设太小，如果太小，有可能出现假阴性的情况
如何使用SPDE进行基因家族分析---序列的获取以及比对
看同学们挣扎在拿奖学金、毕业和升学的路上而苦于没有文章是时候给大家解决一下这个问题了。首先，我们需要解决的是序列的问题。我本身是做植物研究的，对植物较为了解，这几个基因组网站...
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@白菜罐这个主要是根据目前已经发表的文献来
如何使用SPDE进行基因家族分析---序列的获取以及比对
看同学们挣扎在拿奖学金、毕业和升学的路上而苦于没有文章是时候给大家解决一下这个问题了。首先，我们需要解决的是序列的问题。我本身是做植物研究的，对植物较为了解，这几个基因组网站...
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GFAP---关于版本的汉化
早年用一些外国软件的时候总是希望能够找到汉化版本，到自己做软件了，反而忽视了这个问题。既然本照着为同学们解决问题的原则，今天终于将GFAP进行了汉化以更方便同学们的操作。至于...
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@大叔的生信备忘录 不客气，加油~
GFAP---GO analysis模块
GO富集分析是基因功能分析中非常重要的一个大类，其主要的作用是为了人们提供基因发挥作用的类型指导，即感兴趣的基因到底在哪些生物学进程中发挥作用。在GFAP中，可以根据近缘物种...
