PSMC软件分析群体历史有效群体大小流程 1 文件转换 基因组文件格式为.bam，callsnp之后，再转换为.fq.gz格式才能做为PSMC输入文件 bcftools mp...
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PSMC软件分析群体历史有效群体大小步骤（bcftools+PSMC)）
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2022-10-10 samtools分析测序基因组的depth和coverage
对基因组测序完成后，我们经常需要统计测序深度（depth）和对基因组的覆盖率（coverage） 这两个概念有时候不太好区分，有时coverage也表示测序深度x. 我们用s...
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多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异...
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报错'namespace:rvcheck'没有出口‘get_aes_var’这个对象
安装ggtree，library时报错'namespace:rvcheck'没有出口‘get_aes_var’这个对象。原因是版本问题，新的版本修改了ggtree需要的一些函...
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Dfoil - 推断祖先基因流-2. 在一篇讲泥炭藓的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
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python中与系统发育相关的模块最近在学习 Bioinformatics with python cookbook 这本书第六章 Phylogenetics 的内容，了解到python中与系统发育相关的两个...
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种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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生信小工具专题：BBTools/BBMap Suite 的使用 (2)
接着上一次内容继续介绍，BBTools、BBMap中的一些实用的小工具。 BBMap Read Merger 合并双末端（PE）reads,在预期中这些reads有重叠的位置...
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科研文章发表的成功要素
由于临近博士毕业，没有再进行更多的生信技能的学习，主要精力都是放在文章发表，毕业论文写作方面。今天的推文继续和大家分享一篇非常好的文章“What makes a plant ...
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群体遗传学之个体间遗传距离及其计算方法
01-Definition Genetic Distance Genetic distance is the degree of genetic difference (ge...
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WGD（全基因组复制）分析——Ka/Ks及4Dtv值计算一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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全基因组复制分析（WGD）-4DTV值1、4倍简并位点（fourfold degenerate site） （1）如果密码子的某个位点上任何核苷酸都编码同样的氨基酸，则称这个位点为4倍简并位点。（2）例如甘氨酸密...
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基因组共线性工具MCScanX使用说明MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCSc...
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clusterProfiler: 分析+可视化GO和KEGG富集的转录组R包写作之友 基因和基因簇的功能谱 (functional profiles) 的统计学分析及可视化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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LD衰减图的理解与应用
在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。如何正确理解并且进行相关的LD连锁不平衡分析是群体遗传中很基本的一件事情。下面和大家一起学习一下...
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@Gifts_1423 raxml iqtree 都可以
三种方法构建系统发育树 学习笔记
所用数据为一个属内不同种不同群体的叶绿体基因组序列，数量为80条。 发现用全长序列建树的时候，不适合选用太多外类群，否则ML法中会导致属内分枝的枝长特别短。原因应该是基因间隔...
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vcf文件与vcftools（一）在用于存储reads比对结果的SAM/BAM格式提出之后（2009年），用于存储变异检测结果的格式VCF( variant call format )也被提出（2010年），...
