在大尺度微生物生物地理学分析中，经常遇到环境因子和地理距离能一定的相关性，经过VPA分析发现二者有重叠的解释部分。那么，如何完全排除掉环境因子的影响，单独研究地理距离对群落结...
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回归分析中，如何回归掉（regress out）一个变量对另一个变量的影响 -
如何在linux下安装R包
之前一直在linux下用perl和python居多，对R的使用还停留在windows的Rstudio以及各种linux QIIME2等虚拟环境里的R。恰巧上两个星期遇到了li...
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避免和conda环境变量冲突---linux下环境变量的设置方法
最近用conda创建了一个新的环境，conda activate进入新环境后，查看perl和python时还是发现： /usr/bin/perl/usr/bin/python...
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利用好conda构建环境，处理不同版本软件的冲突
一台服务器，如果安装的软件多了，难免会各种冲突，好在docker和conda都可以解决这个问题 docker运行麻烦一点，还是优先从conda入手 conda list # ...
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如何便捷的安装perl模块
虽然perl面向对象能力偏弱，且perl6一直为人诟病，但是仍然有许多生物信息方面的软件还是需要用到perl的 这就带来了一个问题，有时候就会报错，“缺少XX模块” 也不得不...
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如何从NT/NR数据库中提取子库最近做有关小鼠肠道微生物宏基因组，遇到两个问题，一是数据量太大，二是宿主污染严重。 估计宿主污染至少80%左右，因而就想通过一些方法，例如kraken、bowtie等把宿主污...
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如何构建kraken2个性化数据库
kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。 现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？ 首先推荐把kraken2安装...