基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
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如何对基因组序列进行注释 -
全基因组选择的工具（转载）本文转载自：Bionifarmer[https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/14395909.html]。个人感觉已经比较全面(补充了两个)，...
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使用MAKER进行基因注释(高级篇之SNAP模型训练）
训练 ab initio 基因预测工具(以SNAP为例) 对于一个新的物种而言，你大概率是没有一个高质量的基因模型去进行基因预测。但是我们可以利用EST序列（少部分物种估计有...
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孟德尔随机化法（Mendelian randomization method）写在前面：知识真是越看越多，聪明的人类总能想出各种办法来寻找这世界万物中的各种联系。文献中读到Mendelian randomization method and a Men...
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「基因组学」使用CAFE进行基因家族扩张收缩分析环境准备 安装软件: 参考「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析 安装OrthoFinder，然后再安装CAFE 数据准备: 一共会分析mouse, r...
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使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练）GeneMarkGeorgia Institute of Technology开发的一系列基因预测工具。真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET, 其中Gen...
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生信笔记系列之序列提取--根据 GTF 提取转录本
今日再来一发，根据 gtf 文件提取 fasta 序列。 其实转了一圈，才发现我做的工作，前人已经做过了，而且比我做的好。该程序类似于 cufflinks 程序中 gffre...
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转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）
转录组学习一（软件安装） 转录组学习二（数据下载） 转录组学习三（数据质控） 转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究） 转录组学习五（reads的比对与samtoo...
