如果想做植物的转录因子调控网络，我们可能会有以下问题。 1：如何利用有限的叶片原生质体材料获得高质量的TF ChIP-seq数据？2：如何生成可信的无标度转录调控网络图？3：...
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植物转录因子调控网络该怎么研究？
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NCBI线下blastn-short比对
ncbi的BLAST比我想象中的要强大，用普通blastn貌似不能将basepire数小于50的序列比对到基因组。像我，想将一些15bp的序列比对到基因组上做统计。其实BLA...
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教程 | [下篇] 规模化物种同源基因分析 - orthofinder写在前面 两个月前，我推送了一个师妹的投稿，介绍了orthofinder软件的应用场景和具体安装，属于上篇。有上便有下，评论区和后台看到不少朋友在催更下篇。今天即推出，主要内...
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用一个题目理解rnaseq
这个题目是转载别人的，原出处没能找到，原作者看到可以联系删除。 当时在做这个转录组分析之前不太了解这个到底是什么，但是跟着流程完成了，也得到了结果，但是还是有很多问题不太明白...
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2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据记录下下载过程，为自己和后人避坑。 1.Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题。即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错。 尝试了很...
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【转】单倍型基因组组装方法1. 什么是单倍型？ 同源染色体：同源染色体，一个来自母本，一个来自于父本。 单倍型：单倍体基因型的简称。遗传学上指在单条染色体上一系列遗传变异位点的组合。 2. 单倍型组装...
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从gff3/bed提取intron坐标及正负链信息工具： bedtools subtract ref：Example usage — bedtools 2.27.0 documentation 注意：分隔符需要是\t 原理：...
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Samtools使用大全
一、简介 Samtools是一个用于操作sam和bam格式文件的应用程序集合，具有众多的功能。 它从SAM（序列比对/映射）格式导入和导出，进行排序，合并和索引，并允许快速检...
