前言 作者开发Scissor的目的是结合bulk-seq的数据，寻找与某一性状显著相关的单细胞亚群，然后从表型的角度解释这些细胞亚群的生物学意义。作者开发Scissor的动机...
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Scissor：联合表型数据，Bulk-seq和scRNA的分析软件 -
蛋白组DIA分析：Spectronaut软件使用指南官方文档： https://biognosys.com/media.ashx/spectronautmanual.pdf 0. 准备 Spectronaut软件是蛋白组DIA...
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R可视化之ComplexHeatmap【二】：行（列）顺序、行（列）名特别声明：本部分（系列）内容均来自顾祖光博士对ComplexHeatmap的介绍，仅为学习交流，尊重原创。 热图系列我们已经有： R可视化之ComplexHeatmap【一】...
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生物信息；python/R/Shell编程学习~<br>生信博士在读~ wx同号～
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unable to find an inherited method for function ‘select’ for signature ‘"data.frame"’报错及处理办法
今天用select函数出现报错，一开始没注意报错信息，因为我选择的列名有些复杂，怕是哪里掉了个空格，就重新换了个方法选列名，还是出错。报错信息如下 简单说，就是不知道为a这个...
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差异表达3｜MaGeck
MaGeck MaGeck是对CRISPR screen结果进行筛选的软件，差异表达的对象是sgRNA，再对不同sgRNA的结果进行整合，得到差异基因。 1. median-...
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要去很远的地方
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单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)
细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息，这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合，传递信号来实现的。不同的分化、疾病过程，可能存在特异的细胞通讯关系，因此阐...
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不管何时，也要努力的学习吖，加油！！！
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单基因泛癌表达箱线图和配对箱线图展示
单基因泛癌表达箱线图是泛癌分析文章必不可少的一个图，配对箱线图在很多文章中也有出现。本文讲解如何实现单个基因在泛癌表达箱线图和配对箱线图展示。先上效果图： 1. 单基因泛癌表...
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好记性不如烂笔头，温故而知新。踏实一些，不要着急，你想要的岁月都会给你！
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跟着Science学分析之单细胞组织偏好性分析（OR）
我们之前写过计算单细胞比例的很多帖子，目的就是看看对照组与实验组相比，是否有些细胞类型或者亚群数量发生了显著改变： 最近，看到之前张泽明教授团队发表在Science上的文章：...
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小鬼的m6A图文复现07-Peak结果以及分布特征图上一期提到使用exomePeak2进行m6A的Peak Calling，结果如下，每个样本一个结果： ├── ADDInfo│ ├── ADDInfo_GLM_allDe...
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RNAseq-踩坑02 -- Aligment 比对率低RNAseq的第二步就是Aligment, 一般都是有参考基因组的比对，据同事介绍，比对这一步，比对率再80%以上才算是正常的，很多样本的比对结果都能达到90%以上。 然而，...
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北京基因组所研究生<br><br>Focus on Bioinformatics and Machine-Learning<br><br>Follow me on Github: <a href="https://github.com/Ming-Lian" rel="nofollow" target="_blank">https://github.com/Ming-Lian</a><br><br>跳出局部最优，搜索全局最优
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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学会这三个包，搞定R中的正则天下苦正则久矣，尤其当字符串中有自己想要的一段数据时候苦苦提取不出来的感觉真是难受，今天给大家介绍3个R包来解决这种正则带来烦恼的包，希望对大家能有所帮助。 regexpla...
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主要围绕多倍体遗传与进化、重要性状基因的挖掘与功能验证方向，结合多组学、细胞遗传学和基因编辑等技术对马铃薯、油菜和小麦等展开研究
