说来惭愧，跟师姐聊天的时候，我按照传统的生信思路把临床特征做风险打分，然后定义高低风险打分，接着就是标准的生存图、森林图了。在做到森林图的时候，忽然被问到，单因素与多因素的区...
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单因素与多因素cox分析区别
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R语言生存分析03-Cox比例风险模型作者：白介素2相关阅读：[R语言生存分析03-Cox比例风险模型]R语言生存分析-02-ggforestR语言生存分析-01ggpubr-专为学术绘图而生（二）ggstats...
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生存分析（二）-- Cox比例风险模型（Cox proportional-hazards model）翻译自：http://www.sthda.com/english/wiki/cox-proportional-hazards-model[http://www.sthda.c...
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microRNA数据库与预测、功能分析软件大全
在microRNA的研究中，生物信息学发挥越来越重要的作用，以下是microRNA相关的数据库与预测、功能分析软件，绝对值得收藏。 1.miRBase: http://www...
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【跟着CNS来作图1】堆积柱状图的多层注释后面我们会陆陆续续有个系列，跟着别人好的paper中的图进行学习，试着重复别人图中的效果，来加强自己的学习。 今天就来测试和学习下面这个paper中的一个堆积柱状图，主要是分...
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单细胞分析：细胞聚类（十）导读 前面我们已经整合了高质量的细胞，现在我们想知道细胞群中存在的不同细胞类型 ，因此下面将进行细胞聚类分析。 学习目标 描述评估用于聚类的主成分数量的方法 根据重要的主成分...
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Cufflinks的使用
一. 简介 Cufflinks[http://cufflinks.cbcb.umd.edu/index.html]下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffc...
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GATK4变异检测（bwa+samtools+Picard+GATK）一.软件下载安装 🔸bwa：https://github.com/lh3/bwa[https://github.com/lh3/bwa]安装及命令详解参考：http://st...
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ANNOVAR | 注释
标签（空格分隔）： annovar 注释 [TOC] 介绍 参考链接 http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/用于对S...
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收集一些生物信息学的分析流程的文章。感谢这些简友整理的生信分析流程！ 如果简友投稿没有被我收入专题，可能是我没看到或者收入到其他针对性更强的专题中了。望见谅！ 🕛🕐🕑🕒🕓🕔🕕🕖🕗🕘🕙🕚 文章的收录是有顺序的，查看的时候请点击“最新收录”然后进行查看。 👣 全基因组测序(WGS)分析 👣 转录组分析RNA-seq的分析流程 👣 染色质免疫共沉淀技术ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 👣 单细胞scRNA-seq分析 👣 癌症的预后标志物查找 👣 系统发育演化进化树构建与分析 👣 群体遗传学分析 👣 全基因组关联分析(GWAS) 👣 基因家族的分析 👣 甲基化测序与分析 👣 KEGG/GO功能富集分析 👣 图形绘制具体细节的比如热图、曼哈顿图的绘制等 👣 python、perl、R的包的使用过程 👣 具体工具的使用，比如GATK的使用过程 👣 数据库的挖掘方法，比如TCGA数据库的使用 👣 另外就是整个文章走下来的流程 👣 👣 👣
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轻松看懂机器学习十大常用算法通过本篇文章可以对ML的常用算法有个常识性的认识，没有代码，没有复杂的理论推导，就是图解一下，知道这些算法是什么，它们是怎么应用的，例子主要是分类问题。 每个算法都看了好几个...
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单细胞测序分析: R harmony包 整合多个单细胞数据Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony #系统需求 Linux, ...
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10×一个样本测多少数据量(G)合适？
首先，需要明确一点: 数据量大小其实就是碱基的个数。那么，数据量大小的计算方法是： 单端测序数据量=reads长度 * reads个数 (reads长度很容易得知，reads...
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fastq-dump、fasterq-dump和parallel-fastq-dump处理SRA文件的速度比较最近新发现一个工具——parallel-fastq-dump，能多线程运行fastq-dump处理SRA文件，而且与另一个常用的多线程工具fasterq-dump相比，还有-...
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Python机器学习-02：模型构建写在前面 随着人工智能时代的到来，机器学习已成为解决问题的关键工具，如识别预测疾病风险等。Python是实现机器学习的热门语言之一。接下来会详细介绍机器学习如何应用到实际问题...
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跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应
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多个单细胞数据集整合方法1. 整合不同数据集中同一类细胞方法： 该方法来自一篇21年5月份的Nature：Cross-tissue organization of the fibroblast li...
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scanpy不同cluster及细胞类型合并在用scanpy进行单细胞分析时往往要对聚类(leiden)后的簇进行细胞类型的标注并生成细胞图谱，但是在通常使用的更改注释的方法中 new_cluster_names的字符...
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CNS图表复现16—inferCNV结果解读及利用
本文是参考学习CNS图表复现16—inferCNV结果解读及利用[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1Njk4ODE0MQ==&mid=...
