请一定看这里：写下来只是为了记录一些自己的实践，当然如果能对你有所帮助那就更好了，欢迎大家和我交流 差异分析流程: 1 初始数据 2 标准化(normalization)：D...
IP属地：青海
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释 -
生信 | circos文件准备大全（以拟南芥为例）一、写在前面 扣扣群：559758504（目前无需验证，一键即可加入） 如果你不想学，老板又催着要，你可以加群私聊我寻求帮助( $ _ $ )，但还是自己学，知识都是自己的。...
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「2022-01-04更新」HiC软件安装篇之Lachesis2022-01-04 update: 更新了一些错误集锦 Lachesis是希腊神话众神之一，负责决定生命之线的长度。但是咱们这个lachesis是2013年发表在natur...
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你好，不好意思我不经常看这个网站。①数据是否有残留的接头。因为当时的数据已经交给别人重新分析了，我建议再使用trimmomatic或者fastp过滤一下。②local参数。bowtie2 end-to-end 和local模式里--very-sensitive 的参数都一样，可以看下不同模式的详细参数。③当时我的重复应该是有40%+。 希望能帮到你
水稻CUT&Tag数据分析流程
最近实验室的师兄做了几个样本的Cut&Tag数据，公司没有分析流程，只能自己摸索着分析。 参考了网上的一个流程：https://yezhengstat.github.io/C...
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Linux Sort 按照某一列排序
转载：https://segmentfault.com/a/1190000005713784sort是在Linux里非常常用的一个命令，管排序 sort将文件的每一行作为一个...
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Jalview使用方法（1）——多序列比对今天我们介绍一款全平台可以使用的多序列比对工具，那就是Jalview，它的功能非常强大，但是我们今天讲解最基本的多序列比对及结果输出。 1. 导入序列 你可以导入你的fast...
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无参转录组序列组装 — Trinity转录组分析策略 转录组分析策略根据有无参考转录组可以分为两类： 有参比对—定量—差异分析—功能富集分析等 无参组装—定量—差异分析—功能富集分析等image 无参考转录组序列...
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--compression=6 这个参数是压缩程度，可以改到9试试
使用fastp进行数据质控
fastp是一款较新的数据质控软件，接触这个软件也是由于目前市场的软件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接触到一个RNAseq数据，质量较差，需要去除接头而且含N较多，序列...
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RNA-seq从入门到自闭（Trimmomatic和Fastp）抱歉拖了这么久，主要是最后分析出来的数据跟某平台对比后发现差了很多。无法解释这个结果。用了几个软件测试，最后的结果都跟之前平台的Exp结果对不上。最后猜测可能还是这套数据有问...
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clustalw对输入序列有要求，不能有重复序列，我之前也遇到过这种问题，然后我用了muscle做了比对。
基因家族分析保姆级教程（分子进化）-生信小白自学之路（一）
一、基因家族基础知识与研究思路介绍 1.基因家族简介 基因是染色体上一段可以发生转录的区域（内含子外显子启动子）。转录本才是基因的研究实体，转录本transcript（别名 ...
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R语言中EM算法估计高斯混合模型参数EM算法 leengsmile2016年9月24日 EM 算法 本文档介绍如何在R语言中，通过EM算法，估计高斯混合模型的参数。首先通过简单的例子，用简单的程序描述EM算法估...
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从0开始的RNA-seq教程
本次RNA-seq分析目标明确，得到基因的表达矩阵即可，不涉及其他分析。 样本：植物的叶和茎的转录组；测序方法：双端测序；有参考基因组文件 1.数据质控拿到测序数据，第一步进...
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转录组分析6——GO/KEGG富集分析莎莎写于2020.5.2这是5月坚持的第2天，要一直坚持写啊，加油! 差异基因的功能注释和富集分析: • GO和KEGG富集分析• 基因集富集分析 MsigDB数据库 G...
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转录组分析5——差异表达分析差异表达分析内容：• 基因表达量的标准化方法及可视化➢ counts，RPKM，FPKM，TPM➢ PCA图、热图等• 差异表达分析及可视化➢ limma-voom，edge...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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寻找同源基因工具OrthoMCL与OrthoFinder的安装与使用比较基因组学 简单介绍一下比较基因组学，Comparative genomics是基于基因组图谱和测序技术，对已知的基因特征和基因组结构进行比较以了解基因功能、表达机制和不同...
