敏感性与特异性敏感性和特异性虽然与查准率和查全率相似，但并不相同。其定义如下：在癌症示例中，敏感性和特异性指： 敏感性：在患有癌症的所有人中，诊断正确的人有多少？ 特异性：在...
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敏感性和特异性（sensitivity and specificity） -
RPKM、FPKM、TPM详解
简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的rea...
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34统计基础- 分位数标准化(Quantile Normalization)假设我们有一些来自微阵列实验的数据 如果你不熟悉微阵列，这里有解释: 微阵列测量样本中基因的活性。 他们通过测量不同颜色的光的强度来做到这一点。 如果你在一个实验中有一个更好...
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用Seurat做RNA Velocity安装加载相应的包 If you don't have velocyto's example mouse bone marrow dataset, download with ...
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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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TCGA+biomarker——风险因子关联图
简介：风险因子关联图常见于cox风险比例模型，常见于下图这种三图联合的展示形式，展示的是由cox风险模型区分出的高风险和低风险人群在人群比例、生存时间（生/死）和关注的基因表...
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StatQuest学习笔记24——RPKM FPKM TPM
前言——主要内容 这篇笔记是StatQuest系列笔记的第63节，这篇笔记跳过59节，60节，61节主要是因为第63节的内容是讲RPKM，FPKM和TPM这几个概念的区别，在...
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单细胞之轨迹分析-7：Seurat+scVelo轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之(8)neighbor graph analysis（CoNGA）今天我们来分享10X单细胞和TCR联合分析的代码部分，之前的基础知识，大家要掌握，代码已经是最后一步了。当然，前面自己进行安装，示例数据在https://www.dropbo...
