大家好，今天周日。最近发现有些单细胞测序数据结果不是很好，或许在作者取样的时候，就注定了后续的生信分析不会太成功~ 本次主要发现一个数据集中出现一大群红细胞基因高表达亚群，对...
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你知道红细胞基因对单细胞分析的影响吗
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孟德尔随机化法（Mendelian randomization method）写在前面：知识真是越看越多，聪明的人类总能想出各种办法来寻找这世界万物中的各种联系。文献中读到Mendelian randomization method and a Men...
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10X单细胞空间分析回顾之SPOTlight一年了，我们都需要总结，这一篇我们回顾一下SPOTlight，非常好的方法，建议大家也总结一下，看看2021年，自己都得到了什么。 SPOTlight 的目标是提供一种工具，...
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GO.db:存储Gene Ontology信息的R包
欢迎关注”生信修炼手册”! 在生信分析领域，R语言由于其简单易用的特点和良好的生态环境，占用重要的一席之地。其中，Bioconductor作为生信分析专用的R语言社区，提供了...
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单细胞分析之细胞交互-1：CellphoneDB常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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单细胞测序揭示成纤维细胞（fibroblast ）异质性随着单细胞数据的不断积累和转化，拿一个组织画个图谱的草莽时代已经基本一去不复返了。往深了做的一个方面就是做某个细胞类型的图谱。特别是对那些异质性较高的细胞类型。 例如，我们熟...
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R语言可视化（三十八）：ROC曲线图绘制38. ROC曲线图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用ROCR包绘制ROC曲线 使用pROC包绘制ROC曲线图 使用survivalROC包绘制时间依赖的ROC曲线
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scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
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总结一下手动安装R包在R语言上安装R包的时候，总是会遇到安装报错，其实很多时候都是因为R语言版本和R包版本不匹配导致的，这时候就需要自己手动安装R包了，查了好多网页文章，方法很多很杂，现在来总结...
