写在前面: 对于我们大多数来说,用图形或图表更比数据本身更能说明问题,更容易让人理解,并且可以赏心悦目。细胞内部,大量的分子时刻都在发生着变化或相互作用。对于我们来说,了解这...
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之前分析TCGA数据都是直接匹配barcode,其规则懂的不多。相信有不少同志也有这方面困惑。 这里给出两份资料,一份是TCGA官方英文介绍,链接为https://wiki....
今天我们介绍一篇稍高分数的文章,来看一下生信挖掘文章如何发更高档次的杂志。这篇文章是利用GEO和TCGA数据挖掘宫颈癌预后相关的关键基因,2019年发表在Journal of...
大家好,今天和大家分享一下TCGA从2017年到现在发表文章的情况;做这个整理的目的呢?是因为很多小伙伴都在群里或者是后台问我们,TCGA的生信分析往哪里投? 我们在PubM...
前面的教程已经进行了WGCNA分析并将各个模块的网络图绘制文件导出,接下来将进行共表达网络的绘制,本次教程依旧根据PlantTech的Cytoscape课程[https://...
WGCNA笔记第三弹 WGCNA分析原理 WGCNA应用场景 WGCNA分析实践 本代码借鉴了生信技能树的WGCNA教程以及PlanTech的WGCNA课程编写,转载请注明出...
本教程根据PlantTech的WGCNA课程编写,课程还是不错的,所以将该课程给大家分享一下。 WGCNA笔记第一弹 WGCNA分析原理 WGCNA应用场景 WGCNA分析实...
原创来自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw,本人稍作修改,原文是针对小鼠,现改为人类当得到差异基因后,很多时候...
写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑 转录组入门(7):差异表达分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析, 所以专门去学了edgeR 我个人是不太推荐...
这个推文已经发布在生信技能树公众号: RNAseq数据,下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析 文献标题是:Oncogenic lncRNA downregulates ...
FPKM 一般来说不太好用,转为TPM进行后续的分析比较合适。下面是FPKM转化为TPM的R实现: 参考: RNA-Seq的Counts和FPKM数据如何转换成TPM?[ht...
前面分享了FPKM数据该怎么分析?后来看了一下别人分享的例子,应该把FPKM转换为TPM后再进行分析。为什么说FPKM和RPKM都错了?简单小需求:如何将FPKM转换成TPM...
从今天开始,我又要经常回到简书记录一些数据下载,处理流程了。目前需要UKBB的GWAS, 用的人很多,都是大文章,大手笔。我没有找到怎么下载的。所以打算自己跟着帮助文档学习一...
1. R语言进阶之广义线性回归[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5MTIzNjI1OA==&mid=2247484183&idx=1&s...
什么是工具变量?[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5MTIzNjI1OA==&mid=2247483687&idx=1&sn=e5ef4...