在这个clusterProfiler包里
GO，KEGG，DO富集分析这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...
IP属地：广东
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简书是我在学习别人东西的过程中记笔记的地方，以便自己不断查阅复习，同时通过不断的输出来暴露自己的短处从而不断的进步。大家留言问的问题我都看到了，没有回复是因为自己学艺不精不能准确答复，望谅解~
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GO，KEGG，DO富集分析这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...
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您好，想问一下getBM()函数一直运行出错，如何使用select函数输出，用的是哪个R包的select函数呀。谢谢！
使用biomaRt进行ID转化
biomart使用说明：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/biomaRt/inst/do...
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生物基础知识-CDS、ORF、启动子、终止子、转录因子、UTR刘小泽写于2020.2.8大概回顾一下基础知识 一：ORF与CDS ORF：open reading frame（开放阅读框） 它是理论上的蛋白编码区，一般是先在DNA序列中...
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1-使PPT字体有镂空感啦啦啦我又回来啦，简书简直就是我的小空间，坚持做学习笔记同时还可以让更多有需要的小伙伴看到，真的是十分开心！好啦，咱们直奔主题吧~~ 当你制作年终PPT或者答辩PPT的时候，...
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生信小白--关于批次效应的学习及实战参考教程：微信公众号：生信星球批次效应处理实例：combat和removebatcheffect的对比 特别感谢：人美心善爱护小白的花花老师小洁忘了怎么分身 作为一个非常想搞...
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好像GEO有的数据集没有分组情况，只有一组，这些也可以用作batch吗？
去除批次效应
我需要把多个数据集的数据合到一起怎么办？直接inner_join()或者cbind()就可以拿来用吗？当然不行！进行进一步分析之前，你还得去除一下批次效应！不同数据集在不同批...
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如果不知道哪些是正常，哪些是癌症的，那应该怎么分组？同样是下载的GEO表达矩阵
关于GEO的分组矩阵与对比问题
当下载完GEO数据，并做好数据整理后，得到了行名为SYMBOL，列名为SAMPLE的基因表达矩阵（已去重，log2等），现在就要开始进行差异表达分析。分组表达矩阵，告诉代码，...
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3-paste和paste0函数
R语言中许多字符串使用 paste() 函数来组合，因为它可以将任意数量的参数组合在一起。基本语法paste(..., sep = " ", collapse = NULL)...
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学习小组Day7笔记-小白之测序知识啦啦啦，时间过得真快呀，今天就是学习小组的最后一天了，这几天下来学到的知识还是蛮多的，感谢生信星球的豆豆和花花呀。今天主要是学习了测序知识。 今天真的了解和学习到了很多测序的...
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2-gsub()函数——替换字符工具
要想批量替换一些字符串还需要在excel完成吗？Nope,代码也可哦，今天又get到了一个新的知识点，认识了一个新的函数了，一起来学习一下吧~ gsub()可以用于字段的删减...
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Rstudio 运行作图后不显示图片怎么破
plot(1:5,1:5)理论上，左边输命令，右边出图片，完美。实际上，plot，plot，plot，右边无动于衷。哦好吧。生活就是这么奇葩。运行一下这两行应该会可以。我的解...
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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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测序的世界测序的世界很奇妙，不同的数据处理可能得出不同的结论，入门生信首先要做的就是了解你的数据还等什么？跟我一起来探索吧～ 测序原理： 早期如何测序呢？ 如果给你这么一串珠子，让你统...
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学习小组Day6笔记-小白之R包学习
今天已经是尾随生信星球的豆豆和花花学习的第6天啦，还有一天我竟然要准备毕业了，时间过得也太快了吧！QAQ只不过跟随豆豆和花花的确是学到了很多东西的，虽然知识比较基础。这不，今...
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1-管道函数今天想要研究一下R语言中含有百分号（%）符号的含义，之前没系统归纳过，就借此机会好好做个笔记吧。 了解管道函数 使用R语言处理数据或者分析，很多时候免不了要写连续输入输出的代...
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学习小组Day5笔记-小白之认识数据结构
今天进一步跟随生信星球的豆豆和花花了解R的数据结构，因为之前接触过，因此笔记就主要是记录一下自己在运行代码过程中的一些探索吧。 认识数据结构 数据类型包括五种，有向量、矩阵、...
