转录因子也称反式作用因子，在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用，已成为现在生物学研究领域的热点，其功能分析是重要的研究内容之一。因此我们可以通过...
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知识分享| 转录组个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测 -
基因家族分析一(NBS基因家族鉴定)一：准备文件 1. 拟南芥的基因组，CDS，蛋白，GFF以及HMM文件。 2.利用HMM文件搜寻pep文件 3.利用clustalw进行多序列比对，构建物种特定的NB-ARC...
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@Nuvolar 好的好的，谢谢老师
3K水稻SNP数据集的简单利用
3010份亚洲稻群体重测序项目是由中国农业科学院作物科学研究所牵头，联合国际水稻研究所、华大基因等16家单位共同完成。该研究对来自89个国家的3,010份水稻品种进行了重测序...
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@Nuvolar 好的，谢谢老师。确实有属于哪个国家的信息，但是比如中国，中国也太大了，该怎么写经纬度？🐱
3K水稻SNP数据集的简单利用
3010份亚洲稻群体重测序项目是由中国农业科学院作物科学研究所牵头，联合国际水稻研究所、华大基因等16家单位共同完成。该研究对来自89个国家的3,010份水稻品种进行了重测序...
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老师，您好。请问在哪可以下载3K材料的地理位置信息啊，真没找到。
3K水稻SNP数据集的简单利用
3010份亚洲稻群体重测序项目是由中国农业科学院作物科学研究所牵头，联合国际水稻研究所、华大基因等16家单位共同完成。该研究对来自89个国家的3,010份水稻品种进行了重测序...
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拜读了您的文章，请问shortstack参数是怎么设置的？
第一篇SCI
这是一篇纯生信的3.5分文章，主要涉及的是小RNA: phasiRNA。小麦的基因组前两年才发表，而类似的研究以前在水稻中做过比较多，因此对于做小麦的科研人员来说是一个可以做...
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请教一下，phasiRNA怎么鉴定？
small RNA学习（四）：鉴定&注释产生小RNA的基因
1. 使用ShortStack鉴定，注释产生小RNA的基因 1.1 下载安装 1.2 下载依赖的软件（包） perl, samtools, bowtie & bowtie-b...
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可不可以通过测序的reads去比对phasiRNA数据库？
small RNA学习（四）：鉴定&注释产生小RNA的基因
1. 使用ShortStack鉴定，注释产生小RNA的基因 1.1 下载安装 1.2 下载依赖的软件（包） perl, samtools, bowtie & bowtie-b...
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西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题，有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
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群体遗传学习笔记-基因型缺失数据的填充
Genotype Imputation是在高通量测序中常出现的定义，按照义译就是基因型填充。要真正理解imputation这个概念，我们就需要先理解基因型缺失（genotyp...
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学习笔记<br>研究方向: 植物群体遗传学<br>
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公众号：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2读研，学习方向：癌症基因组、肿瘤免疫、单细胞组学
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能出一期，从vcf文件到fas序列的教程不
2020-12-21利用PopART绘制单倍型网络图
A图中就是一个单体型网络，每个彩色圆代表一种单体型，圆的大小表示该单体型包含的样本数，两个圆之间的连线表示两个单体型彼此相关，连线上的短线表示从一个单体型变为另一个单体型需要...
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南京樱花大学<br>
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西电 北大 SelectDB<br>Apache Doris PMC Member<br>
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Python读取大文件的"坑“与内存占用检测python读写文件的api都很简单，一不留神就容易踩”坑“。笔者记录一次踩坑历程，并且给了一些总结，希望到大家在使用python的过程之中，能够避免一些可能产生隐患的代码。...
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连雨不知春去，一晴方觉夏深
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【非模式种转录组】二、下游分析R语言篇这里是佳奥！我们继续非模式种转录组的下游分析。 上篇我们拿到了raw count矩阵，但是我们还缺少很多东西，让我们一步一步来。 1、选择合适方法标准化表达矩阵 2、GO/K...
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ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c） 组蛋白修饰能预测染色质的类型（异...
