官方手册（2020 Sep更新）https://github.com/FelixKrueger/Bismark/tree/master/Docs...
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Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（一）数据预处理 -
Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（二）甲基化信息提取以及文件解读(IV)Bismark甲基化提取 Bismark附带一个补充的bismark_methylation_extractor脚本，它对Bismark...
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Bismark（0.22.3）使用记录文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/FelixKrueger/Bismark...
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DNA甲基化测序数据处理（一）：数据比对前言 因为组里面出了一批甲基化测序数据，使用的技术为BS-seq，处理的时候顺带记录了学习过程，演示使用数据为官方提供的example.fast...
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DNA甲基化测序数据处理（二）：差异分析前言 衔接上一篇数据比对后的结果，使用R包DSS进行处理。 Input文件准备 我们先来复习一下上一节课得到的数据结果：*.bismark.co...
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DNA甲基化测序数据处理（三）：Circos的安装与测试（Windows篇）前言，傻瓜式全程记录 Circos是数据展示的一个极佳方式。是每一个男人都应该学会的必备技能！在按照别人教程学习的时候，记录下所有操作，以飨众人...
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全基因组甲基化分析简述DNA甲基化是一种非常基础且重要的表观修饰，在调控基因表达、转录因子结合和抑制转座子元件中起到关键的作用。 目前，DNA甲基化检测的技术已经比较...
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bismark对参考基因组建立索引
分析DNA甲基化的手段有很多，除了甲基化芯片外，还有WGBS和RRBS等实验与高通量测序相结合的手段，不管是哪种策略，都需要对DNA进行亚硫酸氢...
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bismark 识别甲基化位点-比对篇
bismark 软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点，首先需要对基因组建立索引，建好索引之后，就可以开始比对了。 我用的软件自带的单端测序...
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bismark 识别甲基化位点
在bismark中，根据甲基化的C所处的上下文环境，分成以下3类； CpG CHG CHH p代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个...
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