RNA-seq分析完整流程 - 专题

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RNA-seq小考核
教程对应B站：【生信技能树】转录组测序数据分析链接：https://www.bilibili.com/video/av28453557?from...

3.7 琪音 9 47
通过整理TCGA数据，探索某癌症的癌组织和正常组织的差异基因。
实验设计实验目的决定试验方法和途径。试验目的 :获取三阴性乳腺癌的正常组织和癌症组织的基因表达差异情况，比较三阴性乳腺癌中的基因表达变化情况。...

3.5 superqun 3 52

学习生物信息，我都应该掌握那些内容？
持续更新ing.....最后更新时间：2019/3/8 10:28 AM 1.linux命令 1.1 linux的权限权限： eg： 7=4...

8.3 superqun 5 133
RNA-seq分析简洁版
前面RNA-seq分析：从软件安装到富集分析部分已经把转录组全部流程走完了一遍，这次利用RNA-seq(2)-2:下载数据中下载的肝癌数据进行分...

3.5 Y大宽 8 90
RNA-seq(10):KEGG通路可视化:gage和pathview
这部分直接从上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注释)[https://www.jianshu.com/p/5d82acad6008]的数...

2.4 Y大宽 3 57 2
RNA-seq分析：从软件安装到富集分析详细过程
RNA-seq分析简洁版[https://www.jianshu.com/p/72c871663e62],用重新下载的肝癌数据[https://...

8.4 Y大宽 5 170 1
RNA-seq(9):功能富集分析
这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不...

3.5 Y大宽 22 75

RNA-seq(8): 探索分析结果:Data visulization
写在前面：这部分主要做一些数据可视化，富集分析暂时放下一部分，如果想跳过这里，请直接移步RNA-seq(9):富集分析[https://www...

1.6 Y大宽 4 38
RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)
============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[ht...

11.0 Y大宽 31 240
RNA-seq(6): reads计数，合并矩阵并进行注释
任务 1.实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。2.需...

4.0 Y大宽 15 78