刘小泽写于2020.5.15相信你看到这个问题，可能感觉很简单，不就一个参数的问题吗？下面来看探索（全程是基于pheatmap来做的） 首先构建...
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热图如何去掉聚类树的同时保留聚类的顺序？ -
seurat-SCTransform()解析-01satijalabsctransform包的github网址：https://github.com/ChristophH/sctransform...
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几个scRNA找高变异基因（HVGs）的方法刘小泽写于19.9.10高变异基因就是highly variable features（HVGs），就是在细胞与细胞间进行比较，选择表达量差别最...
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scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上...
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多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven ...
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Scissor：联合表型数据，Bulk-seq和scRNA的分析软件前言 作者开发Scissor的目的是结合bulk-seq的数据，寻找与某一性状显著相关的单细胞亚群，然后从表型的角度解释这些细胞亚群的生物学意义...
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如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，...
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Seurat的打分函数AddMouduleScore在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的Ad...
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ggplot2绘制GO富集分析柱状图1.使用clusterProfiler包进行GO富集分析使用clusterProfiler的enrichGO函数来获取GO分析 gene就是差异...
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WGCNA实例分析及解读（附代码）WGCNA分析基于两个假设：1.相似表达模式的基因可能存在共调控、功能相关或处于同一通路，2.基因网络符合无尺度分布。基于这两点，可以将基因网络...
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