一般在转录组或者基因表达相关的文献中，末尾都会附上Accession Numbers，可以用这个编号在GEO(Gene Expression O...
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small RNA学习（一）：GEO数据下载 -
small RNA学习（八）：降解组分析1. 降解组（测序）是什么？分析原理是什么？ 在植物中，通常miRNA与靶标序列结合紧密，在结合位点的第10/11位碱基处直接剪切mRNA从而调...
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small RNA学习（七）：小RNA的靶基因预测
用到的软件是TargetFinder，软件的具体安装见：https://github.com/carringtonlab/TargetFinde...
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第6周：利用小RNA测序和降解组测序鉴定玉米雌穗发育过程中的miRNA及其靶基因1. Abstract 1.1 Background 在玉米中，低氮，低盐，干旱胁迫下的miRNA及其靶基因研究较多，但在玉米穗子中相关研究较少...
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small RNA学习（六）：计算已知miRNA的表达量从这一篇开始，是我重复一篇文献的记录，我在第五周文献学习笔记中提到过。 1. 过滤adapter 在第二篇笔记中，我判断接头序列是从raw da...
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第5周：拟南芥的miRNA表达图谱摘要 测了拟南芥整个生长阶段的来自27个不同组织或器官的小RNA。对测序数据进行分析之后发现大多数的miRNA普遍存在，然而有少数的miRN...
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第4周：大规模鉴定phasiRNA的方法原文来源：Yang K, Wen X, Sablok G. Method for the Large-Scale Identification ...
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第3周：利用大豆小RNA图谱鉴定来自编码基因区的phasiRNA原文来源：Arikit S , Xia R , Kakrana A , et al. An Atlas of Soybean Small RNA...
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small RNA学习（四）：鉴定&注释产生小RNA的基因1. 使用ShortStack鉴定，注释产生小RNA的基因 1.1 下载安装 1.2 下载依赖的软件（包） perl, samtools, bo...
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small RNA学习（三）：参考序列下载0. 背景知识 非编码RNA介绍——百度词条 miRNA的命名规则： 详细介绍见https://mp.weixin.qq.com/s/SnrUB...
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