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limma用户手册
10篇文章 · 20192字 · 26人关注
  • 第10章 具有共同参照的双色实验

    10.1 背景介绍 现在考虑一个双色微阵列实验，其中所有的阵列都使用了通用参照。如果在整个实验中将相同的通道作为通用参照，则可以对表达值的log...

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  • 第9章 单通道实验设计

    9.1 背景介绍 与早期的微阵列不同，大多数数据现在都是单通道类型。单通道数据来自流行的微阵列技术，如Affymetrix，Illumina或A...

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  • 第8章 线性模型概述

    8.1 背景介绍 limma软件包使用称为线性模型的方法来分析设计的微阵列实验。这种方法允许分析非常一般的实验，就像分析简单的重复实验一样容易。...

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  • 第7章 过滤

    我们通常建议将微阵列平台上的所有探针进行标准化处理。 对于下游分析，通常需要删除那些看起来在任何实验条件下都不表达的探针。这被称为过滤。我们一般...

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    第6章 双色数据预处理

    6.1 背景校正 默认的背景校正是从每个点的前景强度减去背景强度。如果RGList对象没有经过背景校正，那么normalizeWithinArr...

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    第5章 质量评估

    在任何微阵列数据的分析中，一个重要步骤是检查该阵列数据的质量。对于双色阵列数据，一个重要步骤是查看每个阵列未标准化数据的MA曲线。plotMD(...

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    第4章 读取微阵列数据

    4.1 本章范围 本章涵盖除Affymetrix以外的大多数微阵列类型。从Affymetrix GeneChips读取数据，请使用affy，gc...

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  • 第3章 快速入门

    3.1 R语言简介 R是一种统计计算程序。它是一种命令驱动语言，也就是说，你必须在其中键入命令，而不是使用鼠标指向并单击。本指南假设你已经从ht...

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  • 第2章 序言

    2.1 引用limma Limma执行了作者和合作伙伴的一系列方法论研究。在出版物中使用limma软件的结果时，请尝试引用适当的参考文献，因为引...

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