今天想记录一个bug，先前的项目从来没出问题的，这次突然好几个项目都卡在了这一步。
这是GATK中的一步，报错信息如下：
运行的命令是：
java -Xmx5G -jar ~/exome_software/GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R ~/Database/ucsc.hg19.fasta -I ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.bam -BQSR ./5.varcalling/aaa.recal.grp -o ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.recal.bam -log ./5.varcalling/aaa.printReads.log
解决的办法是：添加了一个参数--filter_bases_not_stored
命令改为
java -Xmx5G -jar ~/exome_software/GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R ~/Database/ucsc.hg19.fasta -I ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.bam -BQSR ./5.varcalling/aaa.recal.grp -o ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.recal.bam -log ./5.varcalling/aaa.printReads.log --filter_bases_not_stored
就可以了。
原因我也不太清楚，先前一直没有问题，而且有的能跑出结果，有的就报错。可能最近在调试GATK4 ，导致软件的各种版本，很乱
