随着新时期各级政府对绩效管理的高度重视和迫切需求以及理论研究的不断深入，我国公共部门绩效管理水平进入了一个新的阶段，在评价模式、实施机制、关注重点和覆盖范围等诸多方面较以往都取得了重大进步，形成了各具特色的绩效管理模式，但也仍然存在不少问题。
首先绩效计划制定不力。公共部门在制定任务指标时往往忽视公务员，上级主管单位对任务的理解与客观实际存在差异，就会导致工作人员热情不高，效率低下。
其次公共部门的产出难以量化，成本缺乏可比性。公共部门缺乏提供同样服务的竞争单位，因此无法取得可比较的成本和数据。
复次公共部门绩效管理的价值取向存在偏差。在我国，公共部门绩效管理中最为突出的一对价值取向就是——增长与公平，这对变量就是需要同时满足相互存在矛盾的价值取向，这就导致出现形象工程等，影响可持续发展。
对此，就需要我们进一步解决。
第一，确定公共部门绩效管理的目标取向。在公共部门推行和开展绩效管理就必须将3E+2作为持续长久的目标，同时将提供公共服务的经济性、效率性、效益性、公平性、回应性一步步地落实到构建和谐社会与节约型社会上来。
第二，评估主体多元化，采用360º多元主体评估机制。
第三，有必要将政府绩效评估与公务员个人绩效考核相联系。
第四，深化改革，完善配套制度。
总的来说，只有明确问题，积极解决，才能更好地促进绩效管理的科学化和规范化。
