稻盛和夫指出：“所谓的‘阿米巴经营’就是将企业划分为一个个的小集体即阿米巴，每个阿米巴独立核算，他们以各个阿米巴的领导为核心，让其自行制定各自的计划，并依靠全体成员的智慧和努力来完成目标，每个阿米巴就像一个小商店、小企业独立经营，他们之间是买卖关系。”
阿米巴经营本质上是一套量化赋权的经营管理体系，是一套与企业经营各项机能紧密相关、实现企业牵一发而动全身的经营管理制度体系。阿米巴经营的表象是组织划分、独立核算，它重视数据，重视经营的结果。然而，阿米巴经营更加强调现场的活力和不断的循序改善，没有脱离日本企业的经营核心。阿米巴经营强调经营哲学的根基，通过哲学共有来紧紧抓住员工的心，通过从计划到过程、结果的充分授权来激发员工的潜能，实现全员参与的经营。
从表面看来，阿米巴经营也是一种量化分权的经营体系，由事业部制深化发展而来；从根本上来说，则是一种以心为本的“人心经营”，这里的以心为本，就是将心比心。稻盛和夫认为，企业应该把“员工的幸福”作为第一位的目标。这也是一种“信任”加“信心”、“以心为本”的经营。
