苏峻的叛军已经是近在咫尺了，京师全面戒严，庾亮亲自都督征讨军事事务，他让司马流领兵据守慈湖抵御苏峻，又让兄弟庾翼以平民身份统领数百人守备石头城。
宣城内史桓彝准备起兵赴朝廷之难，他的长史认为郡内兵员即少且弱，而且山地居民经常骚扰，应该按兵不动。桓彝严厉地说：“现在国家危急紧迫，哪里能心安理得享受安乐！”遂进兵屯驻芜湖，结果被苏峻的部将韩晃击败，桓彝只能退守广德。
徐州刺史郗鉴想率领部众救援，朝廷下诏以北边贼寇不宁为由，让他原地驻防。
韩晃又偷袭驻扎在慈湖的司马流，司马流向来胆小，临战时吓得吃东西都不知道嘴在哪里，结果兵败身死。
苏峻会合了祖涣、许柳等人后，渡过横江，登上牛渚，驻扎在陵口。朝廷军队屡战屡败，苏峻步步紧逼到达蒋陵的覆丹山。
陶回对庾亮说：“苏峻知道石头城有重兵屯守，不敢直接前来，必定会从小丹杨南道徒步而来，应当埋伏在那里截击他们，可以一战而胜。”
庾亮还是不听，苏峻果然从小丹杨前来，因为迷了路，又是在夜间赶路，军队各部混乱不堪，庾亮听说后才追悔再次错失良机。
卞壶与钟雅、赵胤等人的军队与苏峻在西陵交战，卞壶等人大败，死伤数以千计。苏峻又乘胜进攻清溪栅，卞壶率领各个部队拒敌，完全无法阻挡其攻势。苏峻乘风势放火，朝廷的台省和官署，一时间全被烧毁荡然无存。
卞壶背部的痈肿刚好，伤口尚未愈合，支撑着身体率领左右侍卫苦战至死，一代名臣，著名的书法家就此以身殉国。他的两个儿子卞眕、卞盱为报父仇，相继杀入敌军，亦力战而死。卞壶后裔一直秉承“忠孝传家”的家族遗风，其家族是历史上盛产“忠臣孝子”的家族，史称卞氏为“忠贞世家”。
丹阳尹羊曼在西晋覆灭时，本来有机会留在北方老家，依靠强大的宗族武装力量自保，可是羊曼对晋皇室忠心耿耿，宁死不食胡粟，不顾千山万水，道路险阻，一路风尘仆仆九死一生来到江南，誓死辅佐晋元帝司马睿，称得上是东晋的中兴之臣。他面对叛贼不投降就屠城的叫嚣，率领五百名近卫军士兵，面对十倍的敌军，死守元龙门一天一夜，最终寡不敌众力战而死。
（晋朝南迁之后，有个不成文的规定，无论谁就任新职，都要设宴请大家吃饭。羊曼请客的那一天，来得早的人可以吃到美味佳肴，来得晚的吃残羹剩饭，而且，宴席上最好的位置，谁来得早谁坐，不分身份贵贱。临海太守羊固请客跟羊曼不一样，一整天都是美味佳肴，即使来得再晚的人也能吃到丰盛的美食。但《晋书》把这件事情叙述完了之后，来了一句评论：羊固的宴席虽然丰盛，但不如羊曼的人真率！羊固的问题，就是把事情做得太完满了，他超过羊曼的部分，其实都属于心计。）
黄门侍郎周导、陶侃的儿子庐江太守陶瞻都战死了，庾亮率士兵准备在宣阳门内结阵，还没来得及排成队列，士兵都丢盔弃甲地逃跑了，庾亮见势不妙，只得和兄弟庾翼等人逃奔寻阳。
庾亮临走前对钟雅说：“以后的事情拜托你了。”钟雅说：“栋梁折断，房屋倒塌，这是谁的过失呢！”庾亮面有愧色地说：“今天的事情不要再说了。”
庾亮乘坐的小船，被乱兵竞相掠夺抢劫，左右侍从用箭射敌，居然射中了船上的舵手，舵手应声倒地，船上的人大惊失色，庾亮缓缓地说：“就这种箭法怎么还能指望他射中寇贼呢！”众人这才安定下来逃走。
苏峻的军队进入台城，司徒王导及光禄大夫陆晔、荀崧等人在太极殿中一同护卫司马衍，让刘超和钟雅侍立左右，孔愉则穿着朝服守护宗庙，当时百官已经逃散，宫殿鸦雀无声。
苏峻的士兵进来后见这几位正气凛然，不敢贸然上殿，便冲进了后宫，将宫女及太后的左右侍从都掠夺一空，他们又驱赶百官服劳役，王彬等重臣都被棍棒鞭挞，又剥光成年男女的衣物，这些人都用破席或苫草遮蔽身体，没有草席的人就坐在地上用土把自己身体盖住，哀哭嚎叫的声音，响彻京城内外。
苏峻进城时，官府拥有布匹二十万匹，金银五千斤，钱亿万，绢数万匹，其他物品不计其数，他尽数耗费精光，掌管皇帝饮食的太官只有用大火烧剩下的数石粮米来供应司马衍的饮食。
有人劝钟雅说：“你禀性诚信坦直，必定不为贼寇所容，何不早作打算。”
钟雅说：“国家的祸乱不能匡正，君王的危殆不能挽救，各自逃遁以求免祸，这还怎么当人臣呢！”
苏峻追求的其实不是当皇帝，而是执掌朝政的权力，所以进城后并未篡位，还矫诏大赦天下，只有庾亮兄弟不在赦免之列，让王导保持原职，祖约任太尉，任命自己为骠骑将军，祖涣任骁骑将军。
苏峻又派兵去进攻吴国内史庾冰，庾冰抵挡不住，逃奔会稽。苏峻重金悬赏抓捕庾冰，吴国的侍从带领庾冰进船，把他用芦席覆盖起来，摇动船桨逆流而上。每逢遇到巡查哨所，就用桨叩击船身说：“到哪里去找庾冰啊？庾冰就在这里！”众人都认为他喝醉了，毫不怀疑，庾冰因此幸免。
庾亮则狼狈逃至温峤处，温峤听说建康失守，嚎啕痛哭，庾亮宣太后诏令，任命温峤为骠骑将军，又任命郗鉴为司空。
温峤推辞不受，说：“今天应当先剪除叛贼，尚未建功却先接受官职，还怎么示范天下！”他素来与庾亮交好，庾亮虽然战败而逃，温峤却仍然推重尊敬他，还分出部分兵力交给了光杆司令庾亮。
