曼哈顿图(Manhattan plot)是一种GWAS分析中常用的展示基因组数据的散点图。可以R语言中的qqman、CMplot及ggplot2三个包绘制曼哈顿图。 基于qq...
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曼哈顿图--R可视化 -
使用GEMMA进行GWAS分析
GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合线性模型的GWAS分析软件。相比较...
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重复一篇文献的GWAS（二）：用GEMMA跑GWAS上一篇写的是：重复一篇文献的GWAS（一）：基因型数据整理这一篇主要讲GWAS的核心流程和画图。 软件使用参考：使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)http...
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GWAS--软件EMMAX和GEMMAEMMAX 下载：http://csg.sph.umich.edu//kang/emmax/download/index.html解压后即可直接用 前期需plink准备输入文...
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使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合线性模型的GWAS分析软件（文献信息...
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R语言实现GWAS结果显著SNP位点归类提取与变异类型转化
GWAS结果显著SNP位点归类提取与变异类型转化 根据GWAS得到的Rresult文件信息，能够找出每个snp位点对应的显著性情况和基因变异信息，接下来，需要根据表格中的信息...
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干货 | 10大SNP检测方法汇总分析文章来源：IVD技术咖单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms, SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态...
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plink对SNP进行关联分析
文件 1. 查看数据 这里，文件是bed文件，二进制不方便查看，我们将其转化为ped文件和map文件 注意，这里我使用的是ped和map格式，如果ped文件中有表型数据（第六...
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R数据可视化12:曼哈顿图曼哈顿图的名字来源是因为其形如曼哈顿的天际线：高耸在较低高度的“建筑物”上方的摩天大楼的轮廓。主要用于GWAS结果的展示，今天让我们来看看如何绘制曼哈顿图。 什么是曼哈顿图 ...
