"不要将DoubletFinder应用于代表多个不同样本的汇总scRNA-seq数据。 例如,如果您对表示跨10Xlane测序的WT和突变细胞系的汇总数据运行DoubletFinder,则将从WT和突变细胞生成artificial doublet,它们在您的数据中不存在。 这些artificial doublets 会歪曲结果。 值得注意的是,可以对通过在多个10Xlane上分割单个样本而生成的数据运行DoubletFinder。" 这句话真心看不懂,不走捷径了,我去看原文
DoubletFinder相信各位做单细胞的童鞋们,都遇到过去除多细胞的情况,而Cellranger默认的是前1%(3000cell),对于低质量的细胞有了算法来确认是否保留,但是对于多细胞而言,Ce...