蛋白编码基因的注释 输入文件的准备 注释要注意基因组数据完整性和连续性,评估组装质量,这决定着注释结果的质量和准确性 需要以蛋白质序列、表达序列标签 (EST)、全长转录本序...
蛋白编码基因的注释 输入文件的准备 注释要注意基因组数据完整性和连续性,评估组装质量,这决定着注释结果的质量和准确性 需要以蛋白质序列、表达序列标签 (EST)、全长转录本序...
1. Summary 基因家族扩张收缩分析可细分为六部分: 获取每个基因对应的最长编码区转录本 OrthoFinder聚类基因家族 系统发育树推断 物种分歧时间推断 基因家族...
邀请并收到一位「GSAman」用户的稿件,非常详尽且实在。相信这份推文可以为一些做功能基因组方面工作的朋友,提供实用参考。 -- CJ-陈程杰 前言 随着测序技术的进步和普及...
首先是安装这个流程,试了一下可以使用conda进行安装 安装好以后很多perl脚本是在 anaconda3/envs/EVM/opt/evidencemodeler-2.1....
1. 组装基因组质控 得到组装好的基因组序列之后,首先要使用多种方法评估组装质量。这里用到2款可用于基因组组装质量评估的软件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
基因组组装完成后,需要对基因组进行注释。对于高等真核生物,由于重复序列占了相当大的比例,会影响基因预测的质量,也会带来不必要的资源消耗。因此在基因预测前,首先要检测并屏蔽基因...
因为课题需要,我们在前期组装了一个基因组并进行了注释,但是存在两个问题,一个是没有考虑可变剪切,另一个是注释的基因并不准确,三代转录组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利,...
最近状态不佳,连续两件事情做的时候只想到了一半,做了又等于没做,都成了自己预想的最差的结果,要想做到最佳,只有重做,现在浪费时间结果不合适等于白做。一心多用,今天白搞一下午,...
1. repeatmodeler 2. EDTA 3. 下载homology-based库 4. repeatmasker
(全文约3500字) 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后,用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查,用组合KMC+Genome...
欢迎关注"生信修炼手册"! jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布,它运行速度快,内存消耗低,支持并行,是最常用的kmer统计软件之一。 官网如下: http:...
在对一个基因组进行组装之前,都要对其进行基因组survery,判断其大小,杂合度等;常用方法有流式,或者基于二代测序k-mer估计 软件安装 简单使用 jellyfish 统...
使用hicPro+EndHiC两个软件,对我们组装得到的contig数据进行染色体的挂载,得到我们所需要的scaffold水平的基因组文件。首先对HiC数据进行分析,得到En...
EndHic 想比较HiC-Pro,EndHic的安装就简单很多,就是下载即可用 EndHiC的安装 要用到的脚本都在文件夹下,直接调用就行 怎么使用呢?不得不说一下,git...
要使用 HiC 数据就会不可避免的要使用到 HiC-Pro,但是 HiC-Pro 是一个比较难缠的软件,需要安装的东西比较多,会影响的东西比较多,因此我们使用conda建立一...
宏基因组复杂样品基因组的组装(无参考基因组) 什么是Gap以及它是怎样产生的 Gap : 序列中未确定的区域,通常用N或n表示。 读长限制产生gap:如,测序中的gap指的是...
1. Hic数据mapping(Align Hi-C data to the assembly, remove PCR duplicates and filter out s...
环境准备 安装软件: 参考「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析 安装OrthoFinder,然后再安装CAFE 数据准备: 一共会分析mouse, r...
MUMmer 4 是一个快速比对 DNA 或蛋白序列的软件,最常用的 program 就是 nucmer 和 promer,分别是比对核苷酸和氨基酸序列的,接下来以 nucm...