文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/lh3/minimap2#general[https://github...
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Minimap2（2.20）使用记录
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Pacbio 三代全长转录组IsoSeq3数据分析pacbio三代全长转录组数据分析isoseq31 参考官方文档及其他教程，包括原理、流程等 2 软件安装主要参考pbbiocondapbbioconda提示需要安装pyth...
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使用EGGNOG-Mapper对非模式物种快速进行GO或KEGG注释对于非模式物种，需要做GO或KEGG富集，可以尝试使用EGGNOG-Mapper来对你的物种序列进行快速注释。在注释结果文件中，可以同时获得序列映射上的GO号或KO号，直接提...
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生信 | ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了，相关脚本、教程也很多，但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间，但是在写的时候能发现并学习到很多新的知识，不断记录反思，也...
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【ClamAV】Linux系统开源杀毒软件ClamAV的安装Linux作为一个开源的操作系统，很多人普遍认为没有病毒，所以很多企业的服务器要么只使用了物理防火墙或软件防火墙，要么为了性能直接裸奔，其实Linux系统的病毒较少，但是并不...
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RNA-Seq data analysis数据准备 数据来源 测序下机数据 直接进行质控和后续分析； 已发表数据 以“The PP2A-interactor TIP41 modulates ABA responses...
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小白入门学习，收录经典分析流程
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Linux使用ssh超时断开连接的真正原因
最近使用 ssh 连接服务器的时候，经常一段时间没有操作就断开了（即无法正常操作，键盘输入无反应），一直以为这是服务器的保护措施，直到一次用公司电脑连接的时候，并没有出现这种...
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全基因组重测序流程【超细致！！】
自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了，相信跟着学习实践一定能够收获...
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国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA前言 在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库，并在文中提供accession number，实现数据的公开共享，这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国...
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WGS分析笔记（3）—— bam文件的处理上一篇记录了mapping这一步的软件选择，也讲到了对于sam文件如何考虑MAPQ的过滤，这篇我主要想记录一下bam文件在进行call variation之前的处理。 ...
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StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析按：RNA-seq 流程非常多样化，每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是 StringTie 进行组装取得 read counts 数值，DESeq2 分析差异基因。这里把...
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CUT&Tag的分析——demo重复其他拓展阅读 https://www.jianshu.com/p/27e91c8dac2f[https://www.jianshu.com/p/27e91c8dac2f] #...
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超详Chip-seq分析流程一、Chip-seq分析流程 二、数据、参考基因组、所需软件下载 1、参考基因组下载： 以二穗短柄草为例： https://genome.jgi.doe.gov/portal...
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Cut&tag数据分析流程 homer工具自定义参考基因组 load custom genomeCut&tag数据分析流程 1.数据为clean版本,对数据为进行质控 reads开始时序列内容不一致是CUT&Tag reads中常见的现象。没有通过每个基本的 sequn...
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plink, bcftools等工具安装，超实用！
之前有分享过Windows系统Linux的安装，在这就不赘述了。直接开始介绍GWAS中Quality control, phaing, imputation所用到的常用软件安...
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RAxML建最大似然树教程（Linux）
RAxML最新的帮助手册下载网址： https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf?msclki...
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Ubuntu | 安装Openssl第一种方法 安装openssl和它的开发库apt install openssl libssl-dev -y 查看Ubuntu所安装的Openssl版本openssl ver...
